Wann genau die Kirche in Lonnerstadt gegründet wird, lässt sich nicht ermitteln. Wiederholt wird sie zwar in der Literatur als eine der 14 "Slawenkirchen" genannt, die zwischen 768 und 810 im Auftrag Karls des Großen von den Würzburger Bischöfen errichtet wird, doch das ist lediglich eine Vermutung. Wahrscheinlicher ist eine Gründung im 9. Jahrhundert. Der Turm der wohl im 16. Jahrhundert umgebauten Kirche ist als Wehrbau konzipiert und kann in seiner unmittelbaren Nachbarschaft zur Ostmauer deren Sicherheit übernehmen. Noch heute lassen die schießschartenhaften Lichtschlitze im ersten Obergeschoss des Kirchturms seine ursprünglich militärische Funktion erkennen. Dass die Kirche tatsächlich schon frühzeitig in das Verteidigungskonzept der Ortsbewohner einbezogen war, darauf verweist nicht zuletzt ihre expositionierte Lage: Außerhalb und nicht inmitten des Dorfes und zudem an höchster Stelle auf einem Felsplateau des Talhangs.
Wachenroth wird erstmals urkundlich erwähnt. Ein Graf Ezzilo schenkt unter anderem Besitzungen in Gutenstetten, Lonnerstadt, Wachenroth, Sambach und Steppach an das Kloster Fulda.
Die Kirche in Lonnerstadt muss zu diesem Zeitpunkt schon fertiggestellt sein, da sie durch Ludwig den Frommen mit Grund und Einkünften ausgestattet wird.
Ein Graf Ezzilo schenkt vermutlich in diesem Jahr dem Abt Huoggi des Klosters Fulda die Dörfer "Tutenstetten, Lonnerstat, Wachenrode, Gambbach und Steppach und noch vieles andere aus diesem Gebiete".
Nach der Holzkirche entsteht in Lonnerstadt wahrscheinlich eine neue, aus Stein gebaute Kirche, die sich aber nicht bis heute erhalten hat.
In verschiedenen Urkunden werden weitere zur Pfarrei Lonnerstadt gehörige Orte genannt. 905: Lappach, Gremsdorf und Ezzelskirchen, 1100: Frimmersdorf, 1023: Ailsbach, 12. Jahrhundert: Ober- und Unterwinterbach, 1348: Mailach, Kieferndorf, Greiendorf, 1430: Fetzelhofen, Schwarzenbach, Groß- und Kleinneuses.
Der Ort wird erstmals schriftlich in einer Urkunde Königs Ludwigs IV. des Kindes als "Loneresstat" erwähnt.
Nach einer Überlieferung des Klosters Fulda soll Graf Ezzilo (Heinrich) der fuldenser Abtei des Bonifatius die in der "Slawengegend" gelegenen Dörfer Tutenstete, Lonrestat, Wachenrode, Sampach und Stetebach vermacht haben.
Lonnerstadt gehört dem Radenzgau an und kommt später unter das Landkapitel Schlüsselfeld, dem letztendlich ein Drittel des Marktes Lonnerstadt gehört.
Der Name "Lonerstat" wird in einer Urkunde dieser Zeit überliefert und bezeichnet wahrscheinlich die Hof- oder Burgstätte eines Lonhar (Lonar, Leonard, Leonhard).