Am Ganerbentag (7. - 11. März) wird der Beschluss gefasst, zur evangelischen Konfession zu wechseln. Das Rothenberger Land - damit auch Schnaittach - wird für die nächsten 100 Jahre zu einem lutherischen Territorium.
In Schnaittach wird eine eigene Pfarrstelle eingerichtet.
Die alte Ziegelhütte, die nördlich der Ortschaft liegt und in der Ton aus der angrenzenden Tongrube gefördert wird, wird erstmals erwähnt.
Im Saalbuch von 1589 wird unter den Häusern der Gemeinde Schnaittach ein Siechenhaus genannt. Außerdem soll es zu dieser Zeit auch ein Almosenhaus gegeben haben.
Schnaittach zählt 117 Herdstellen.
Schnaittach muss jahrzehntelang um die Genehmigung von Jahrmärkten kämpfen. Vier Jahrmärkte, die der Bürgermeister bereits 1688 einfordert, werden erst 1701 von der Regierung genehmigt. Im Jahr 1716 wird ein weiterer Wochenmarkt genehmigt, der jedoch infolge von Krieg schnell wieder eingestellt wird.
Seit der Rekatholisierung ist Schnaittach Teil des weit entfernten Bamberger Bistums.
Im Rothenberger Land findet eine offizielle jesuitische Mission statt, die schriftlich belegt werden kann. Aus dieser Zeit stammt auch das Gnadenbild der "Rothenberg-Madonna". Die Marienverehrung führt zu Marienwallfahrten auf den Rothenberg.
Vermutlich werden während des Dreißigjährigen Krieges mindestens 25 Häuser zerstört - 14 zerstörte Häuser können nachgewiesen werden.
Die Zahl der jüdischen Familien sinkt im Zuge des Dreißigjährigen Krieges von 30 im Jahr 1630 auf nur noch zehn im Jahr 1644 - viele Einwohner verlassen Schnaittach in dieser Zeit.