Die Truppen des Schwäbischen Bundes mit Windsheimer Beteiligung zerstören die Burgen des Burkard in Lenkersheim, Ipsheim und Menheim.
Der Deutsche Orden tauscht das Patronatsrecht über St. Johannis Baptistae zu Lenkersheim gegen das der St. Georgenkirche zu Ellingen mit dem Benediktinerkloster Wülzburg. In diesem Jahr wird die Pfarrei urkundlich als eigenständig genannt.
In Lenkersheim werden je zwei Bürgermeister für ein Jahr gewählt.
In diesem Jahr wird der Markt Lenkersheim von aller "bete" und Steuer befreit, da der Pfarrer und die Gotteshausmeister dem Markgrafen Albrecht Achilles von Brandenburg Gotteshaus-Güter zugeeignet haben.
Die Tatsache, dass sich Lenkersheim "gepannter und gefreytter Flecken" (1584), "gefreides Dorff" (1587), "Frey-Dorff" (1588), "Frey-Flecken" (1618) nennt, ist wohl Erklärung dafür, dass sie beschuldigt wird, sie würde sich dem Oberamt nicht unterordnen, und dass sich hier so wenig andere Herrschaften etablieren können.
Nach der Säkularisierung des Klosters Wülzburg geht das Patronatsrecht über St. Johannis zu Lenkersheim an die Markgrafen von Ansbach-Bayreuth über. Da aber in Lenkersheim die neue Lehre nicht gleich übernommen wird, dauert das Patronat des Klosters in Wülzburg noch bis etwa 1528 an.
Im Zuge des Bauernkrieges ist der "Vorbeizug" in Lenkersheim ein Erstürmen des Ortes, wobei fünf Bürger hingerichtet werden und sieben die Finger abgehauen bekommen. Markgraf Casimir zieht nach Lenkersheim und lässt Türme und Tore des Ortes zerstören und den Bürgern die Freiheiten nehmen.
Die Hauptkirche St. Johannis in Lenkersheim liegt in Schutt und Asche.
Aufgrund von Kriegsereignissen kommt es zu einer Brandkatastrophe in Lenkersheim.
Nach Zerstörung der St. Johanniskirche war die St. Sebastianskapelle das einzige Gotteshaus in Lenkersheim.