Die Stadt Auerbach ist, neben Amberg, Neumarkt und Heideck, ein wichtiger Stützpunkt der Pfalz im Bayerischen Erbfolgekrieg.
In Auerbach findet ein Münztag statt: Abgesandte des Bamberger Bischofs Georg III. Schenk (von Limpurg), des Markgrafen Friedrich von Brandenburg und des Kurfürsten Ludwig von der Pfalz treffen sich mit Vertretern der Stadt Nürnberg zu einer gemeinsamen Besprechung über das Münzwesen.
Nach dem Tod des Kurfürsten Ludwig ordnet Kurfürst Friedrich III. die Durchsetzung des Protestantismus in seinem Gebiet an. Damit war der Weg für das ungehinderte Eindringen des Protestantismus in die oberpfälzischen Städte, darunter auch Auerbach, geebnet.
Nach dem Augsburger Religionsfriede nimmt die Durchführung der Reformation schärfere Formen an. Gemäß dem Recht, das Bekenntnis seiner Untertanen bestimmen zu können, schafft Kurfürst Ottheinrich endgültig den katholischen Glauben und Ritus in seinem Land und damit auch in Auerbach ab.
Auf Befehl des Kurfürsten Friedrich III. wird in dessen Fürstentum und damit auch in Auerbach eine calvinistische Kirchenordnung eingeführt. Trotz des Widerstands der Auerbacher Bevölkerung werden 1574 durch einen richterlichen Beschluss alle noch vorhandenen Tabernakel, Statuen und Verzierungen in den Auerbacher Kirchen und Kapellen entfernt.
Die Gößweinstein-Wallfahrt der Pfarrei Auerbach wird erstmals erwähnt.
Unter dem bisherigen Statthalter der Oberpfalz und jetzigem Kurfürsten Ludwig VI. beginnt eine zweite lutherische Periode für Auerbach. Kirchenvisitationen ergeben, dass der Calvinismus Friedrichs III. bei der Bevölkerung kaum Spuren hinterließ.
In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts finden immer weniger Sitzungen des Auerbacher Landgerichts statt. Der letzte Versuch im Jahr 1601, Sitzungen einzuberufen, markiert das Ende des Gerichts. Die benachbarten Reichsstände (das Markgraftum Brandenburg-Kulmbach, das Hochstift Bamberg und die Reichsstadt Nürnberg) gewinnen zuvor immer mehr landeshoheitliche Rechte und drängen das Auerbacher Landgericht zurück.
Laut Steuerregelung gibt es in Auerbach 187 steuernde (hausgesessene) Bürger und 77 Inleute.
Nach der Niederlage des "Winterkönigs" gegen den Feldherrn Tilly des Herzogs Maximilian von Bayern, besetzen bayerische Truppen die Oberpfalz. Lange bevor Maximilian beim Kaiser die Vereinigung der Oberpfalz mit seinem Land Bayern durchsetzt (1628), geht er bereits planmäßig an die Rekatholisierung der besetzten Gebiete.