Seit 1527 werden die zwölf Rats- und Gerichtspersonen vom erzbischöflichen Landesherrn auf Lebenszeit eingesetzt, lediglich drei Kandidaten darf der Rat zur Ergänzung vorschlagen. Auch die Bürgermeisterverfassung wird 1527 beseitigt.
Aufgrund des Aufstandes der Stadt im Bauernkrieg werden Schultheiß und Rat nicht mehr von der Stadt gewählt, sondern vom Landesherren ernannt.
Mit der Stadtordnung endet die Tätigkeit der Sechs des äußeren Rates.
1528 erlässt der Mainzer Kurfürst für Amorbach die sog. Albertinische Verordnung, die den bürgerlichen Freiheitsraum zugunsten der herrschaftlichen Direktiven erheblich einschränkt.
Unter Graf Wilhelm IV. von Henneberg erfolgt wohl die erste umfassende Kodifizierung der Themarer Verfassung.
Im Jahr 1533 klagen laut Lorenz Fries Bürgermeister und Rat der Stadt Iphofen vor dem Würzburger Bischof Konrad von Thüngen, dass die Einwohnerzahl aufgrund weiterer Missernten zurückgegangen sei. Dies hatte zur Folge, dass die Bewohner 1531 und 1532 Steuern in Höhe von 1000 Gulden nicht zahlen konnten. Daraufhin erlaubt ihnen der Würzburger Bischof, dass sie die Schulden nicht mehr begleichen müssen und in den kommenden 15 Jahren von den jährlich 800 Gulden Steuern je 200 Gulden einbehalten dürfen, um davon die Stadtummauerung wieder in einen guten Zustand zu bringen.
In Allersberg finden ein Bürgermeister, der Rat und mehrere Viertelmeister Erwähnung.
1535 sind Bürgermeister, Rat und Viertelmeister bezeugt.
1545, in der Zeit der Verpfändung, wird durch Nürnberg eine Ratswahlordnung erlassen, die die jährliche Neubesetzung von Rat und Gericht unter Mitwirkung von Vertretern der Herrschaft vorsieht. Rat und Gericht bestehen aus zwölf Personen, unter denen vier alte und vier junge Bürgermeister sind, von denen je zwei jeweils ein Vierteljahr regieren.
Der Markgraf genehmigte die Verwendung der Einkünfte der Pfarrei durch den Rat von Windsbach zur Einrichtung einer lateinischen Schule.