Auf Betreiben des Würzburger Bischofs Philipp Adolf (von Ehrenberg) und des Bamberger Bischofs Johann Georg II. (Fuchs von Dornheim) rücken der Schlüsselfelder und der Höchstädter Amtmann mit 400 Musketieren in Lonnerstadt ein, vertreiben den hiesigen Geistlichen Johannes Schuster und setzen an dessen Stelle den katholischen Messpriester J. G. Göpfert. Noch im selben Jahr erzwingen sie - unter einem ähnlich großen Aufgebot von 200 Mann - die katholische Trauung des Lonnerstädter Schulmeisters Hanns Dietrich.
Um sich aus der Herrschaft der Herren von Thüngen zu lösen, schließt die Gemeinde Burgsinn einen Schutzvertrag mit dem Kurfürstentum Mainz ab.
Das Juliusspital erwirbt den Freihof der Herren von Thüngen in Obersinn.
Mainz wird nach der Reichsacht über die Herren von Thüngen und deren Vertreibung Schutzherr über Burgsinn. Der evangelische Pfarrer flieht aus Burgsinn. Im Jahr 1631 wird erstmals seit 67 Jahren wieder ein katholischer Pfarrer eingesetzt. Die Pfarrei gehört seither zur Erzdiözese Mainz.
Oberkotzau geht nach und nach von den Kotzau auf die Familie Müffling Weiß und letztlich deren Mitglied Christoph Heinrich über. Seine Söhne sind jedoch gezwungen, Kotzau zu verkaufen. Dabei macht Markgraf Christian Ernst von Brandenburg-Bayreuth von seinem Vorkaufsrecht Gebrauch.
Der Ort und die Festung Lichtenau werden auf Befehl des Johann Graf von Tillys von kaiserlichen Truppen besetzt. Nach ihrem Abzug bleibt eine 150 Mann umfassende Garnison zurück.
Im Dreißigjährigen Krieg kommt die Dorfherrschaft Weilbachs an Erbach, geht aber dann wieder an Mainz zurück.
Im Dreißigjährigen Krieg verleiht Markgraf Christian das Uehlfelder Schloss an seinen Plassenburghauptmann Hanns Adrian Muffel von Ermreuth. Die Muffel von Ermreuth sind die letzten Schlossherren, da das Schloss an diesem Tag durch die kaiserlichen Kroaten völlig zerstört wird.
Hans Jakob Muffel stirbt und hinterlässt ein Vermögen von 60000 Gulden.
Aufgrund des siegreichen Vordringens des Schwedenkönigs Gustav Adolf II. während des Dreißigjährigen Krieges muss sich Kurmainz aus Burgsinn zurückziehen. Während der Schwedenzeit wird die Herrschaft der von Thüngen in Burgsinn wiederhergestellt.