Weder im Baudenbacher Pfarrarchiv noch in anderen Archiven ist Material über die Existenz einer Kirche zu finden. Grund ist wahrscheinlich, dass ein Pfarrer die Akten der Pfarrei in die vermeintliche Sicherheit einer befestigten Stadt nach Neustadt a. d. Aisch bringt. Dort werden sie am 9. Juni 1553 durch den großen Stadtbrand im Bundesständischen Krieg vernichtet.
Die Hauptkirche St. Johannis in Lenkersheim liegt in Schutt und Asche.
In Burgsinn entsteht die evangelische Pfarrgemeinde.
Im Jahr des Augsburger Religionsfriedens befiehlt der Graf von Öttingen den Aufkirchnern, bis zur Auseinandersetzung mit dem Deutschen Orden dem Pfarrer das nötige Einkommen zu reichen.
Zell wird zur selbstständigen Pfarrei erhoben.
Nach dem Augsburger Religionsfriede nimmt die Durchführung der Reformation schärfere Formen an. Gemäß dem Recht, das Bekenntnis seiner Untertanen bestimmen zu können, schafft Kurfürst Ottheinrich endgültig den katholischen Glauben und Ritus in seinem Land und damit auch in Auerbach ab.
Der Friedhof in Stammbach wird von der Marktkirche an den Rand des Ortes verlegt und eine Friedhofskapelle wird errichtet.
Bamberg kann erst über die Pfründe und Erträge der Pfarrei bestimmen, als sich die Zisterzienserabtei Schlüsselau aufgrund der Reformation auflöst. Pretzfeld wird Oberpfarrei und die Pfründe werden an Dom- und Stiftsherren vergeben.
Es gibt einen Kantor in Oberkotzau, der auch den Schuldienst versieht.
Die Hohenlohe erwerben das Patronatsrecht der Pfarrei Hollenbach in der Reformationszeit zurück.