Im Markgräflerkrieg legen feindliche Soldaten Wallenfels in Schutt und Asche. Auch die Kirche wird vollkommen zerstört. Dabei gehen der Wappenbrief, die ältesten Urkunden über Privilegien und Marktordnung und andere wertvolle Papiere verloren.
Die Hauptkirche St. Johannis in Lenkersheim liegt in Schutt und Asche.
In Burgsinn entsteht die evangelische Pfarrgemeinde.
Im Jahr des Augsburger Religionsfriedens befiehlt der Graf von Öttingen den Aufkirchnern, bis zur Auseinandersetzung mit dem Deutschen Orden dem Pfarrer das nötige Einkommen zu reichen.
Zell wird zur selbstständigen Pfarrei erhoben.
Der Deutsche Orden verwahrt sich gegen die Einsetzung eines evangelischen Pfarrers in Aufkirchen durch Öttingen.
Stammbach ist von der Pest betroffen, weshalb ein neuer Friedhof angelegt wird.
Bamberg kann erst über die Pfründe und Erträge der Pfarrei bestimmen, als sich die Zisterzienserabtei Schlüsselau aufgrund der Reformation auflöst. Pretzfeld wird Oberpfarrei und die Pfründe werden an Dom- und Stiftsherren vergeben.
Es gibt einen Kantor in Oberkotzau, der auch den Schuldienst versieht.
Die Hohenlohe erwerben das Patronatsrecht der Pfarrei Hollenbach in der Reformationszeit zurück.