Im Markgräflerkrieg legen feindliche Soldaten Wallenfels in Schutt und Asche. Auch die Kirche wird vollkommen zerstört. Dabei gehen der Wappenbrief, die ältesten Urkunden über Privilegien und Marktordnung und andere wertvolle Papiere verloren.
Die Hauptkirche St. Johannis in Lenkersheim liegt in Schutt und Asche.
In Burgsinn entsteht die evangelische Pfarrgemeinde.
Im Jahr des Augsburger Religionsfriedens befiehlt der Graf von Öttingen den Aufkirchnern, bis zur Auseinandersetzung mit dem Deutschen Orden dem Pfarrer das nötige Einkommen zu reichen.
Zell wird zur selbstständigen Pfarrei erhoben.
Nach dem Augsburger Religionsfriede nimmt die Durchführung der Reformation schärfere Formen an. Gemäß dem Recht, das Bekenntnis seiner Untertanen bestimmen zu können, schafft Kurfürst Ottheinrich endgültig den katholischen Glauben und Ritus in seinem Land und damit auch in Auerbach ab.
Der Deutsche Orden verwahrt sich gegen die Einsetzung eines evangelischen Pfarrers in Aufkirchen durch Öttingen.
Der Friedhof in Stammbach wird von der Marktkirche an den Rand des Ortes verlegt und eine Friedhofskapelle wird errichtet.
Stammbach ist von der Pest betroffen, weshalb ein neuer Friedhof angelegt wird.
Es gibt einen Kantor in Oberkotzau, der auch den Schuldienst versieht.