Die Franken kommen in das Gebiet um Aufkirchen und erbauen auf dem späteren Aufkirchener Kirchberg eine Burg. Von ihr aus erfolgt die fränkische Besiedelung südwestlich des Hesselbergs.
Laut den Kapitularien Pippins wird unter anderem in Aufkirchen eine Taufkirche namens St. Johannis baptistae errichtet.
In einer Urkunde Kaiser Friedrichs I. Barbarossa (HRR) wird Aufkirchen ("burgum Ufkirchin") erstmals urkundlich erwähnt. Darin überschreibt er der Braut, Berengaria von Kastilien, seines Sohnes Kunrad, Herzog von Rothenburg, staufische Güter.
Bei der ersten urkundlichen Erwähnung Aufkirchens ist der Ort bereits befestigt.
Das Herzogtum Rothenburg und damit auch Aufkirchen kommt an Philipp von Hohenstaufen.
Die Reichsvogtei und das Schultheißenamt Aufkirchen werden von reichsfreien Herren verwaltet, welche meist als Küchenmeister (magistri coquinae) von Nortenberg bezeichnet werden. Sie haben den Kirchensatz von Aufkirchen und Dühren und die Einkünfte des Schultheißenamtes vom Reich zu Lehen. Die Familie ist weit verzweigt: Die Weiltinger Linie teilt sich in die Familien der "Amman" von Aufkirchen, der Herren von "Burberg" und derer von "Hornburg".
Aufkirchen ist bereits 1188 ein befestigter Ort (burgum) und wird, wohl weil es von einem Reichsschultheiß verwaltet wird, zum Reichsort erhoben.
Aufkirchen wird zusammen mit Augsburg, Ulm, Wertingen, Lauingen und Nördlingen gebannt, weil es Kaiser Friedrich II. (HRR) mit Truppen gegen den Papst unterstützt hat. Der Augsburger Bischof Siboto (von Seefeld) soll den Bann vollziehen, tut dies aber nicht.
König Konrad IV. versetzt zu Augsburg dem Grafen Ludwig von Öttingen den Zehnt unter anderem von Aufkirchen.
Der erste erwähnte Pfarrer in Aufkirchen heißt Heinricus Thelonearius de Ufkirchen.