Der erste evangelische Pfarrer in Ammerndorf, Laurentius Lobenherbst, hält den Gottesdienst.
Im Zuge der Säkularisation des Klosters Heilsbronn fällt der Ort mit dem bedeutsamen Kornmarkt 1533 im Ganzen Ansbach zu, welches bereits zuvor umfassende Rechte in Ammerndorf besaß.
Vor Beginn des Dreißigjährigen Krieges gibt es in Ammerndorf 40 besteuerte Anwesen. Unter den Bewohnern sind 27 Bauern und Köbler, zwei Müller, zwei Wirte, drei Bäcker, zwei Metzger, ein Schmied, ein Weber, ein Hafner, ein Büttner, ein Zimmermann, zwei Schneider, 13 Hausgenossen und Tagelöhner.
Ammerndorf ist, wie viele fränkische Dörfer an den großen Verbindungsstraßen, schwer von den Folgen des Dreißigjährigen Krieg betroffen.
Die Heere des Schwedenkönigs Gustav Adolf II. und General Walleinsteins stehen sich bei Nürnberg gegenüber. Während dieser Zeit ziehen die schlecht versorgten Söldner in die Umgebung, um dort zu plündern. Ammerndorf wird zwar nicht niedergebrannt, hat aber ebenfalls unter den Durchzügen zu leiden. Plünderungen, Brandschatzungen und Wegbringen des Viehs wiederholen sich in den darauffolgenden Jahren.
Für Ammerndorf wird eine neue Gemeindeordnung ausgearbeitet. Die ursprüngliche Fassung aus dem 16. Jahrhundert geht während des Dreißigjährigen Krieges verloren.
In einem "aktenmäßigen Bericht" wird darauf verwiesen, dass Ammerndorf seine Marktgerechtigkeit seit den "ältesten Zeiten" dokumentieren könne. Seit wann genau, lässt sich nicht klären.
Dem Ammerndorfer Kornmarkt kommt als Umsatzort eines fruchtbaren bäuerlichen Hinterlandes eine besondere Stellung zu.
Nach Anschluss des Fürstentums Ansbach an Preußen wird das Klosterverwalteramt Heilsbronn als Verwaltungsbezirk aufgelöst und Ammerndorf dem neugegründeten Justiz- und Kammeramt Cadolzburg angeschlossen.