In Nordheim v. d. Rhön gibt es lutherische Geistliche. Etwa 25 Familien sind protestantisch. Die Einführung des neuen Ritus erfolgt durch den Pfarrer des Ortes, Michael Rupert. Nach dessen Tod 1578 geht der Einfluss der Protestanten zurück. Zur Zeit des Würzburger Bischofs Julius Echter von Mespelbrunn kehren dessen Untertanen zum Großteil zum katholischen Glauben zurück. Ein Teil verlässt Nordheim in Richtung Meiningen. Evangelisch bleiben die von der Thann und deren Abhängige, dazu die acht sächsischen und sechs hennebergischen Familien.Im Jahr 1633 werden unter schwedischer Herrschaft ein evangelischer Schullehrer und ein evangelischer Pfarrer eingesetzt. Sie können sich aber infolge der schwedischen Niederlage bei Nördlingen nur bis zum Herbst des Folgejahres halten.
Um Nordheim v. d. Rhön wird eine Wehrmauer errichtet.
Im Salbuch des Amtes Fladungen, zu dem auch Nordheim v. d. Rhön gehört, wird neben der Pfarrei Fladungen auch die Pfarrei Nordheim v. d. Rhön mit seinen Filialen Heufurt und Roth genannt.
Julius Echter lässt ein Schulgebäude in Nordheim v. d. Rhön errichten.
Die Pest bricht in Nordheim v. d. Rhön aus. Ein Drittel der rund 600 Personen umfassenden Bevölkerung erliegt der Krankheit. Nach Ende der Pest beginnt der Bau der Sebastianskapelle, welcher 1670 vollendet wird.
Von einer geforderten Brandschatzung schwedischer Truppen in Höhe von 1000 Gulden kann das Dorf Nordheim v. d. Rhön nur 600 Gulden aufbringen. Vor ihrem Abzug zünden die Schweden das Pfarrhaus an.
In Nordheim v. d. Rhön kommt es zur Schlacht zwischen kaiserlichen und schwedischen Truppen. Dabei werden fast drei Viertel des Dorfes zerstört, auch die beiden Schlösser. Außerdem kommen viele Einwohner ums Leben.
Die sechs sächsischen Höfe in Nordheim v. d. Rhön werden mit dem Hochstift Würzburg getauscht. Die Inhaber nehmen den katholischen Glauben an.
In Nordheim v. d. Rhön wird ein Rathaus gebaut.
Nordheim v. d. Rhön hat ein Siegel.