Im Markgrafenkrieg ist Euerdorf am meisten betroffen. Der Schaden durch Plünderung, Brandschatzung und Verheerung der Felder beträgt 9225 Gulden.
Euerdorf ist erneut von der Pest betroffen.
Im Verzeichnis der Erbhuldigung Euerdorfs an Bischof Julius Echter (von Mespelbrunn) steht: "Euerdorf mit 135 Mannschaften, samt zwei Wüstungen, davon eine die Stupfelberger Markung genannt, ist Bibracher Lehen, derselben Besitzer sind Einwohner zu Euerdorf. Die andere Wüstung Sommerberg genannt, des Klosters Aura Lehen. Da solche Wüstungen wieder bebaut werden sollten, werden die Besitzer der selbigen, dem Stift Würzburg, wie andere Inwohner zu Euerdorf Erbhuldigung zu tun schuldig sein."
Während der Regierungszeit Bischof Julius Echters (von Mespelbrunn) wird Euerdorf zu einem herausragenden Mittelpunkt gestaltet. Der Markt erhält eine große und schwere Ringmauer, die von einem tiefen Graben umgeben ist. Drei Tore gewähren Ein- und Auslass.
Es kommt wegen Euerdorf erneut zu einem Vertrag mit den Grafen von Henneberg: Der würzburgische Schultheiß ist zuständig für Zentsachen, die sowohl Würzburger als auch Henneberger Untertanen betreffen; der gemeinsame Schultheiß richtet die Sachen, die die hennebergischen Untertanen alleine betreffen.
Im Würzburger Salbuch werden Trimberg, Engenthal, Aura, Wittershausen, Sulzthal, Ramsthal und Wirmsthal als Filialkirchen von Euerdorf genannt. Die Nennung von Elferhausen und Wasserlosen ist wohl ein Fehler.
Als mit Georg Ernst von Henneberg der Mannesstamm der Familie ausstirbt, könnte Bischof Julius Echter (von Mespelbrunn) aufgrund einer früheren Übereinkunft Stadt und Amt Meiningen rückfordern. Er tut dies aber nicht, sondern lässt stattdessen die Lehensherrlichkeit Würzburgs von den Kurfürsten von Sachsen anerkennen. Meiningen verbleibt bei Sachsen. Das Hochstift Würzburg erhält aber aus den Gütern und Orten des Amtes Meiningen einige Orte im jetzigen Landkreis Bad Kissingen, darunter auch Euerdorf.
In Euerdorf gibt es 195 Einwohner.
Es werden zwei weitere Jahrmärkte für Euerdorf genehmigt. Es sind vier Jahrmärkte vermerkt.
Es entsteht ein Neubau der Kirche in Euerdorf. In den Jahren 1607 und 1608 wird ein Umbau der Kirche vorgenommen.