Die Bewohner Schnaittachs flüchten auf den Rothenberg, als Schwedische Truppen ihren Ort heimsuchen. Obwohl der Westfälische Frieden bereits unterzeichnet ist, werden Häuser geplündert, Fenster und Öfen zerschlagen und das Vieh vertrieben.
Die Ganerben verfolgen keine einheitliche Politik mehr und verkaufen daher das Rothenberger Land an Kurfürst Ferdinand Maria von Bayern. Es wird ein Preis von 200.000 Gulden festgelegt, welcher in zwei gleichen Raten (1662 und 1663) gezahlt werden soll.
Da bei einem Hexenprozess in Schnaittach trotz Folter kein Geständnis der angeklagten Frauen herbeigeführt werden kann, werden diese freigelassen. Es kann daher nicht von einem Hexenwahn im Rothenberger Land die Rede sein.
Durch ein Gutachten der Burggrafen an den Kurfürsten wird der freie Warenaustausch über die Rothenberger Fraisch hinaus und die Gewerbefreiheit im Handwerk Schnaittachs gewährt.
Nachdem die Wittelsbacher den Restkaufpreis für den Rothenberg entrichten, ziehen sich die Ganerben endgültig von diesem zurück. Das Rothenberger Land bildet eine bayerische Enklave im Nürnberger Gebiet.
Im Jahr 1759 beantragen die Schnaittacher erneut einen Wochenmarkt. Das Anliegen wird aber nur schleppend behandelt und erst 1783 von Kurfürst Karl Theodor genehmigt.
Schnaittach rückt ins Zentrum des Geschehens des Spanischen Erbfolgekrieges. Truppen des Fränkischen Kreises belagern den Rothenberg ein halbes Jahr lang, bis der Kommandant der Burg am 20. September kapituliert. Während der Belagerung besetzen feindliche Truppen den Ort und plündern.
Die Schnaittacher Synagoge wird vergrößert.