Hans Georg führt die Reformation ein und vertreibt den vom Stift Rebdorf bei Eichstätt eingesetzten Pfarrer aus der Lambertuskirche. Seitdem sind 60 Jahre lang evangelische Pfarrer tätig.
Im Siegel von 1562 ist ein geviertes Feld: im ersten und vierten Feld sind je drei Eisenhüte (wegen der Pappenheimer Herrschaft) abgebildet und im zweiten und dritten ein sitzender Fuchs. Bis 1717 ist am Rathaus dieses Bild als Wappen angebracht.
Der Zoll wird von den Landesherren, den Marschällen von Pappenheim, nach der Zollordnung von 1565 erhoben.
Der wohlhabende Erbmarschall Veit aus der Treuchtlinger Linie des Pappenheimer Grafengeschlechts lässt die ehemalige "Niedere Veste" zu einem prächtigen Wohnschloss umbauen. Der Charakter einer wehrhaften Wasserburg bleibt trotzdem erhalten. Der Graben des Stadtschlosses wird von der Altmühl gespeist. Der Renaissancebau fällt nach dem Aussterben der Treuchtlinger Linie der Pappenheimer an die Markgrafen von Brandenburg-Ansbach. An ihre Herrschaft erinnert das Wappenschild über dem Eingangstor.
Treuchtlingen hat 54 Häuser aufzuweisen.
Den ersten Hinweis auf schulisches Leben in Treuchtlingen bestätigt das Salbuch vom Jahr 1596.
In Treuchtlingen wird eine evangelische Schule eingeführt.
Treuchtlingen wird von der Pest heimgesucht.
Reichserbmarschall Gottfried Heinrich tritt feierlich im Eichstätter Dom zum katholischen Glauben über. Damit wird Treuchtlingen wieder katholisch. Den protestantischen Pfarrer setzt er jedoch erst fünf Jahre später ab und übergibt dann das Präsentationsrecht dem Stift Rebdorf zurück.
Marschall Gottfried Heinrich betreibt ab 1618 die Rekatholisierung seiner Herrschaft. Er verkündet seinen Untertanen die Neubesetzung der Lambertuskirche in Treuchtlingen und der Pfarrei durch katholische Pfarrer.