Nach dem Ende des Dreißigjährigen Krieges wird Pretzfeld wieder mehrheitlich römisch-katholisch.
Ein schweres Hochwasser setzt den Zeulnern derartig zu, dass sie ihre überschwemmten Kellergewölbe verlassen müssen, um nicht zu ertrinken. Sie quartieren sich daraufhin in die ausgebrannte Kirche ein, die notdürftig repariert ist.
Aufgrund der Normaljahrbestimmung, welche besagt, dass der Besitzstand der Geistlichen Güter und die religiösen Verhältnisse von 1624 wiederherzustellen sind, werden Kirche und Pfarrei Presseck nach dem Westfälischen Frieden den Protestanten zugesprochen.
Um nach dem Dreißigjährigen Krieg die Wallfahrt nach Burgwindheim wiederzubeleben, errichtet der Ebracher Abt Petrus Scherenberg die Corporis Christi Bruderschaft, die 1650 von Kardinal Barberino der in der Petruskirche in Rom aufgerichteten Erzbruderschaft einverleibt wird.
Die kleine Lenkersheimer Kirche wird von schwedischen Soldaten verwüstet.
Die sechs sächsischen Höfe in Nordheim v. d. Rhön werden mit dem Hochstift Würzburg getauscht. Die Inhaber nehmen den katholischen Glauben an.
Mindestends einmal jährlich ist die Kirche in Schondra Ziel einer Wallfahrt. Für das Jahr 1650 ist belegt, dass die Pfarrei Leichtersbach an einem der drei Tage vor Christi Himmelfahrt nach Schondra wallfährt.
Die Wallfahrtskirche in Retzbach wird während des Dreißigjährigen Krieges schwer beschädigt, die Altäre geschändet, Türen und Fenster eingeschlagen. 1650 werden die Altäre ersetzt.
Im Zuge des Nürnberger Religionsvergleiches im Jahr 1650 muss Bamberg die evangelische Pfarrei Presseck restituieren.
Pfarrbücher werden für die Pfarrei Prölsdorf eingeführt. Sie werden zunächst von den Geistlichen in Untersteinbach beschrieben.