Den Separationstendenzen der drei Gemeinden Burkardroth, Stangenroth und Wollbach von der Pfarrei Aschach wird dadurch entgegengekommen, dass ihnen in einer Urkunde des Grafen zu Henneberg ein eigener Kaplan gestiftet wird, der in Burkardroth wohnt und die Rechte eines Pfarrers hat. Die rechtliche Verbindung mit Aschach bleibt wohl noch erhalten. Wann die Pfarrei Burkardroth offiziell eingerichtet wird lässt sich nicht mit Sicherheit klären (vermutlich 1559 oder 1560).
Die Kirche in Pfarrweisach wird neugebaut.
Die Curatiekirche, eine Simultankirche, wird in Aschbach erbaut und zu Ehren der Jungfrau Maria geweiht. Sie feiert ihr Kirchweihfest am elften Sonntag nach Pfingsten.
Die Stadt Nürnberg beginnt, den Lonnerstädter Kirchhof befestigen zu lassen. Es lässt sich allerdings nicht mit Sicherheit sagen, ob bis dahin der Lonnerstädter Bevölkerung tatsächlich nur der Kirchturm als Bastion diente oder ob damals eine bereits vorhandene Kirchhofmauer lediglich ausgebessert bzw. ausgebaut wurde.
Im Zuge der Reformation entsteht die Pfarrei Marktbergel aus der Zusammenfassung der Ortsteile Weiler und Niederhofen.
Eine Urkunde von Fürstbischof Julius Echter (von Mespelbrunn) gibt darüber Auskunft, dass viele Einwohner Retzbachs im 16. Jahrhundert zum Protestantismus übertreten. Unter dem Propst Martin Knödler findet die Gegenreformation zwischen 1577 und 1583 statt.
Im Zuge der Gegenreformation wird die Augsburger Konfession in Rothenkirchen endgültig unterbunden, da das Hochstift Bamberg die alte Burg von den Erben der ausgestorbenen Linie der Würtzburg zu Rothenkirchen erwirbt.
Unter dem Würzburger Fürstbischof Julius Echter werden folgende bauliche Maßnahmen an der Pfarrkirche Prölsdorf vorgenommen: Im Jahr 1591 erhält die Kirche neue Glocken. Im Jahr 1595 wird die Kirche renoviert, ein neuer Predigtstuhl wird eingebaut und ein Stück der Kirchenhofmauer wird errichtet. Im Jahr 1599 wird der Kirchturm und Kirche neu gedeckt.
Zur Pfarrei Lonnerstadt gehören die Orte: Ailsbach, Buchfeld, Fetzelhofen, Frimmersdorf, Mailach, Schwarzenbach, Unterwinterbach, Warmersdorf, Ailersbach, Großneuses, Greiendorf, Lappach, Sterpersdorf.
Nachdem Nürnberg das Pfarrrecht der Lonnerstädter Kirche erworben hat, führt die Reichsstadt die Reformation im Dorf ein und verteidigt sie schließlich gegen den gegenreformatorischen Eifer der benachbarten Fürstbischöfe.