Unter Herzog Julius Friedrich wird Weiltingen Residenz einer Seitenlinie des württembergischen Herzoghauses und bleibt es für 100 Jahre. Im Jahr 1705 fällt es an die Hauptlinie in Stuttgart zurück.
Verschuldet aufgrund des großen Aufwands für Weiltingen, müssen die Herren von Knöringen den Ort an den benachbarten Herzog von Württemberg verpfänden und schließlich verkaufen. Weiltingen wird daraufhin der Diözese Heidenheim an der Brenz zugeteilt.
In Weiltingen werden evangelische Pfalz-Neuburger und Oberpfälzer aufgenommen, die der katholisch gewordene Pfalzgraf Wolf Wilhelm verjagt hat.
Die württembergische Regierung gibt einer Forderung des Wassertrüdinger Vogtes und Unterhauptmanns Hans Paulus Walz nach und entscheidet, dass die Weiltinger Weber zur Konformität die neue (markgräfliche) Weberordnung Wassertrüdingens annehmen sollen.
In Weiltingen kommt es im Zuge des Dreißigjährigen Krieges mehrmals zu Einquartierungen.
In Weiltingen werden im Zuge einer Einquartierung, aber durch Verschulden der Bürger, die Häuser am oberen Tor angezündet. Der Markt kommt aber verglichen mit anderen Orten gelinde davon.
Weiltingen ist von der Pest betroffen.
Weiltingen ist in bayerischem Besitz.
Die Bevölkerung Weiltingens leidet unter Hungersnot.
Es wird mit der Niederreißung der Mauern um Weiltingen begonnen.