Der Eichstätter Bischof ist zwischen den Jahren 1473 und 1803 der Ortsherr von Arnsberg.
In der Zeit der Herrschaft des Eichstätter Bischofs führt Arnsberg kein eigenes Wappen mehr, sondern benutzt das jeweilige Wappen des Fürstbischofs von Eichstätt.
Aus einer Urkunde ist das Marktsiegel überliefert, das einen Adler - ähnlich dem Reichsadler - zum Inhalt hat. Die Siegellegende lautet "Sigillum ciuium in Arnsberg".
Herzog Albrecht III. von Bayern-München verkauft Burg und Herrschaft Arnsberg "auf ewig" an das Hochstift Eichstätt für 14000 Gulden.
Dollnstein, Mörnsheim, Nassenfels, Kipfenberg und Arnsberg sind jeweils Sitz eines Hochgerichts des Hochstifts Eichstätt.
Dem Markt Arnsberg steht nur ein Bürgermeister vor, der von zwei sogenannten Gmeinern, auch Vierer genannt, unterstützt wird. Weiterhin stehen ihm bei der Verwaltung der Gemeinde die Heiligenpfleger und die Setzer, die den Wein- und Bierpreis bestimmen, zur Seite.
Das Arnsberger Gericht büßt im Laufe der Zeit mehr und mehr an Bedeutung ein und wird schließlich Ende des 16. Jahrhunderts vollständig dem Kipfenberger Gericht angegliedert.
Bis gegen Ende des 17. Jahrhunderts hat das Amt Arnsberg eigene Pfleger und Kastner. 1685 wird der Amtsbezirk Arnsberg zusammen mit Enkering in das Amt Kipfenberg eingegliedert.
In Arnsberg herrscht ein Streit um den Ausschank von Weißbier.
Ursprünglich handelt es sich bei der Kirche in Arnsberg um eine Marienkirche, was auf ein hohes Alter schließen lässt. Im 17. oder 18. Jahrhundert tritt das Nebenpatronat des hl. Sebastian auf. Aufgrund der sich häufenden Wallfahrten zum Pestpatron St. Sebastian wird er schließlich zum alleinigen Ortsheiligen.