Die Auswirkungen der Reformation machen sich in Burgsinn bemerkbar. Im Jahr 1564 führen Eberhard IV. von Thüngen und Bernhard III. von Thüngen die Augsburger Konfession ein. Sie berufen den ersten lutherischen Pfarrer, Jonas Lichtenfelser, ein. Diese erste lutherische Kirchengemeinde besteht bis 1631 und wird dann durch die kurmainzische Gegenreformation beseitigt.
Hans Adam von Wildenstein zu Schlopp verteidigt den Glaubenswechsel in Presseck gegen den Willen des Bischofs von Bamberg erfolgreich.
Das im Bauernkrieg zerstörte Schulhaus wird wieder aufgebaut. Allerdings brennt auch dieses nieder und wird auf Kosten der Kirche neu errichtet.
Der im Bauerkrieg niedergebrannte Pfarrhof in Buttenheim wird in drei Teilen wieder aufgebaut. 1566 wird der erste Teil wie ein Turm mit drei Stockwerken, 1660 der zweite Teil und schließlich 1703/22 der dritte Teil gebaut.
Der Friedhof wird von der Kirche an den Rand Remlingens verlegt.
In diesem Jahr beginnen die Kirchenbücher und seitdem führt das Pfarramt den Namen "Wilhermsdorf".
Es wirken sowohl ein katholischer als auch ein protestantischer Geistlicher in Wallenfels.
Nachdem sich in der Pfarrei St. Michael (untere Pfarrei) noch lange Zeit katholische Geistliche haben halten können, taucht mit Johann Benedikt Munniglich der erste evangelische Pfarrer auf. Der Pfarrer wird nun vom Markgrafen berufen und angestellt, aber vom Domkapitel besoldet.
In Oberelsbach gibt es über 100 Haushalte. Es gibt außerdem ein Dorfgericht; der Ort ist Sitz einer Pfarrei. Die Bede beträgt 20 Gulden, der Getreidezehnt geht an das Kloster Wechterswinkel, der kleine Zehnt zu 2/3 an dasselbe Kloster, zu 1/3 an die Pfarrei am Ort. Der Ort hat drei Mühlen.
An der Heiligenstädter Kirche werden umfangreiche Baumaßnahmen durchgeführt. Der Dachstuhl des Chores wird komplett neu aufgerichtet. Dabei wird ein Turm auf dem Dach errichtet.