Mainz wird nach der Reichsacht über die Herren von Thüngen und deren Vertreibung Schutzherr über Burgsinn. Der evangelische Pfarrer flieht aus Burgsinn. Im Jahr 1631 wird erstmals seit 67 Jahren wieder ein katholischer Pfarrer eingesetzt. Die Pfarrei gehört seither zur Erzdiözese Mainz.
Durch das Restitutionsedikt von 1629 darf das Bistum Bamberg katholische Geistliche in die Küpser Pfarrei einsetzen.
Schenk Georg Friedrich zu Limpurg, der im Dienst des Schwedenkönigs steht, rückt nach Einersheim vor und setzt wieder einen evangelischen Pfarrer ein.
Durch die evangelische Linie des Hauses Öttingen-Öttingen wurde in Dürrwangen der evangelische Pfarrer Wolfgang Wernizmüller eingesetzt.
In Mitwitz wird unter militärischem Schutz von Kronach aus ein katholischer Pfarrer und Lehrer eingesetzt.
Während des Dreißigjährigen Krieges wird Schwand von Truppen Wallensteins gebrandschatzt und geplündert. Nach dieser Katastrophe war die Pfarrei Schwand bis 1638 unbesetzt.
Das Jahr 1632 ist eines der schlimmsten Kriegsjahre für Pleinfeld und Umgebung. Die Schweden zünden die Burg Sandsee und 20 Häuser in Pleinfeld und Walting an. Auch die Kirche wird stark beschädigt und der Pfarrhof brennt nieder. Die Seemannsmühle, die Wurmmühle und das Siechenhaus brennen ebenfalls nieder.
Im Dreißigjährigen Krieg fallen Schweden auch in Hirschaid ein und verwüsten den Ort. Die Kirche wird niedergebrannt, weshalb die Pfarrei von 1634 bis 1665 unbesetzt bleibt.
Nach dem Einmarsch der Schweden schenkt König Gustav II. Adolf unter anderem das Amt Remlingen und damit auch Helmstadt zurück an die Grafschaft Wertheim. Zunächst bleiben die katholischen Pfarrer auf ihren Pfarreien, im November 1632 kommt jedoch Leonhard Thirius nach Helmstadt und nimmt die Reformation der Pfarrei in Angriff.
Die Kirche St. Maria und das Pfarrhaus wird in Folge des Dreißigjährigen Krieges niedergebrannt. Dabei verbrennen auch die Pfarrbücher der oberen Pfarrei.