Das Wappen von Burgwindheim mit dem Windhund mit Halsband und Krone taucht auf zwei Grabplatten der Ebracher Michaelskappelle auf.
Ludwig von Windheim und seine Frau übertragen ihren Besitz in Burgwindheim mit den Zugehörungen in Kappel, Schrappach und Ober- und Unterweiler nach der Lösung des Lehensverbandes mit dem Würzburger Bischof an das Kloster Ebrach. Damit gehört der Ort, die Burg und die Pfarrei Burgwindheim dem Kloster. Die Pfarrei wird demselben inkorporiert und fortan von Klostergeistlichen versehen. Ludwig tritt nach dieser Schenkung in das Kloster Ebrach ein.
Im Gasthaus zum Schwarzen Adler befindet sich ein Beginenkloster. Die Beginen übergeben nach ihrer Auflösung im Jahr 1332 ihre Güter schenkungsweise dem Kloster Ebrach.
Burgwindheim wird von Kaiser Karl IV. (HRR) zum Markt erhoben und erhält die Erlaubnis, Wochen- und Jahrmarkt sowie das Messrecht auszurichten. Der Wochenmarkt findet mittwochs statt, der Jahrmarkt an Jakobi (25. Juli).
König Wenzel IV. bestätigt Burgwindheim die Marktrechte und verleiht dem Ort zusätzlich Haupt- und Halsgericht sowie Stock- und Galgengerechtigkeit.
Das Kloster Ebrach erhält durch ein Privileg König Wenzels IV. ein "Hochgericht" über Burgwindheim.
Der Ort Burgwindheim ist von allen Seiten mit Wasser umgeben, der Dorfsee auf der einen und die Mittelebrach auf der anderen Seite. Der Ort besitzt ferner zwei Tore mit Zugbrücken.
In einer Urkunde aus dem Jahr 1468 bezeugen die Herren Jörg von Thüngen, Hans von Fuchs, Anton von Seckendorff und Wigelas von Wolfskeel, dass die am Fronleichnamstag 1465 in Burgwindheim anwesend waren, als bei der Prozession die Monstranz ohne äußeres Zutun umfiel und die Hostie zu Boden fiel. Dieses Ereignis war der Auslöser für die Wallfahrt zum hl. Blut nach Burgwindheim.
Im Vertrag von 1561 übergibt das Kloster Ebrach, das bis dahin die hohe Zent in Burgwindheim ausgeübt hat, diese an Würzburg. Damit war Burgwindheim in den vier hohen Rügen nach Oberschwarzach zentbar.
Der Neubau der "Blutskapelle" in Burgwindheim beginnt, welcher durch den Abt Hieronymus Hölein von Ebrach (1591-1615) initiiert wurde.