In Heidenheim befindet sich ein Herrenhof, der südlich vom Areal der alten Römervilla am fließenden Wasser erbaut ist. Er wird von dem Germanen (Juthungenstamm) Heido aus dem freien Stand der Reiterkrieger bewirtschaftet. Aus solchen Reiterkriegern geht später der Landadel hervor. Mitglieder aus diesem Stand sind als Ortsadelige später auch in Heidenheim nachweisbar. Aus dem Personennamen Heido als Bestimmungswort und dem Grundwort -heim setzt sich der Ortsname zusammen (Erklärung: zum Heim eines Heido). Die mit Personennamen zusammengesetzten Ortsnamen zählen zu den ältesten deutschen Ortsnamen.
Aus der Lebensbeschreibung des Angelsachsen Wunibald, der einzigen und ersten schriftlichen Quelle über den damaligen Ort, wissen wir, dass bereits zu dieser Zeit eine Siedlung namens "Heidanheim" besteht. Wunibald soll an dieser Stelle ein Kloster errichten und kauft Heidenheim mit Zustimmung und Rat des Bischofs Willibald von Eichstätt zu seinem Eigenbesitz. Durch die Klostergründung ist Heidenheim "immun", d. h. von der weltlichen Gerichtsbarkeit ausgenommen.
Wunibald stirbt und wird in der Klosterkirche bestattet. Seine Schwester Walburga eilt nach Heidenheim und übernimmt die Leitung des Klosters. Es entsteht ein Doppelkloster für Männer und Frauen.
In Heidenheim wird eine neue Klosterkirche gebaut.
Gerhoh, der Nachfolger des Eichstätter Bischofs Willibald, hebt das Kloster in Heidenheim auf und wandelt es in ein Säkularkanonikerstift um. Somit geht das bisherige Familienkloster Heidenheim aus dem Besitz der Familie Wunibald-Willibald-Walburga in den Besitz des Eichstätter Bischofs über. Dafür ist nicht mehr die gesamte Wirtschaftsfläche des ehemaligen Herrenhofs nötig, sodass der Bischof die Hälfte Heidenheims für die Eichstätter Bischofskirche zurückbehält. Die zweite Hälfte bleibt beim neugeschaffenen Kanonikerstift. Somit findet bereits jetzt eine besitzrechtliche, nicht räumliche Zweiteilung Heidenheims statt, die sich ein Jahrtausend lang halten soll: in ein kirchlich-klösterliches und in ein weltlich-markgräfliches Heidenheim. In dieser Zeit liegen auch die Wurzeln der späteren Heidenheimer Gerichte.
Heidenheim, das in der "Provinz" Ostfranken liegt, gehört zum Gau Sualafeld.
Das Benediktinerkloster in Heidenheim wird wieder errichtet. Die Aufteilung des Besitzes von 790 wird allerdings nicht rückgängig gemacht. Die Vogtei sowie der Rechtsschutz über das Kloster und über die bischöflichen Untertanen wird dem mächtigsten Grafengeschlecht übertragen: Den Grafen von Truhendingen.
Die Klosterkirche in Heidenheim wird als romanische Pfeilerbasilika (= heutiges Münster) erbaut und zwischen 1183 und 1188 geweiht.
Der Bau der romanischen Klosterkirche in Heidenheim ist abgeschlossen.
Der früheste Handwerker in Heidenheim, ein Steinmetz, wird in einer lateinischen Urkunde genannt.