Die Gemeinde Rattelsdorf tritt zur Reformation über.
Im ältesten Pfarrregister von 1592 wird ein Schulmeister erwähnt. Die Gründung der Schule fällt wahrscheinlich ins 13. Jahrhundert.
Rattelsdorf bekommt wieder einen katholischen Pfarrer. Damit schafft es der Würzburger Fürstbischof nach jahrelangen Kämpfen, Rattelsdorf wieder zur katholischen Pfarrei zu machen.
Die Rattelsdorfer Einwohner müssen ursprünglich nur Abgaben an das Kloster leisten, bis infolge der Kriege eine Rauchsteuer, Kriegssteuer und außerordentliche Beiträge zu Kontributionen erhoben werden. Ein fürstlicher Beamter, der für diese Einnahmen zuständig ist, bekommt seinen Sitz in Rattelsdorf. Es kommt zu Konflikten zwischen dem fürstlichen Amtmann und dem Amtmann des Klosters.
Es gibt erst fünf, dann sechs, schließlich sogar acht Märkte jährlich in Rattelsdorf: Krammarkt, Palmmarkt, Kleiner Umgangsmarkt, Kirchweihmarkt, Jakobimarkt, Bartholomäusmarkt, Michaelimarkt, Martinimarkt.
Rattelsdorf ist von der Pest betroffen.
Die Schweden fallen in Rattelsdorf ein und plündern den Ort.
Nach dem Dreißigjährigen Krieg erwirkt das Kloster Michelsberg für Rattelsdorf das Marktrecht. Rattelsdorf wird am 29.4.1667 erstmals als Markt genannt. Wann die Marktrechtsverleihung stattgefunden hat, ist nicht überliefert. Es werden jährlich fünf Märkte abgehalten.
Rattelsdorf ist von einer schweren Viehseuche betroffen.
Wegen einer Viehseuche im Jahr 1749 darf kein Markt gehalten werden. Viehmärkte dürfen erst wieder im Jahr 1819 gehalten werden.