Das im Bauernkrieg zerstörte Schulhaus wird wieder aufgebaut. Allerdings brennt auch dieses nieder und wird auf Kosten der Kirche neu errichtet.
Der im Bauerkrieg niedergebrannte Pfarrhof in Buttenheim wird in drei Teilen wieder aufgebaut. 1566 wird der erste Teil wie ein Turm mit drei Stockwerken, 1660 der zweite Teil und schließlich 1703/22 der dritte Teil gebaut.
Die Burg Sandsee bei Pleinfeld wird während der Schmalkaldischen Kriege so schwer beschädigt, dass erneut bedeutende Reparaturen anstehen.
Der Versuch der Herren von Ödberg in Töging ein eigenes Hochgericht zu errichten wird von den benachbarten eichstättischne Beamten zu Berching, Greding und Beilngries mit kriegerischen Mitteln verhindert.
Nachdem die protestantischen Einwohner Bücholds ihre Nachbarn aus dem katholischen Altbessingen offenbar schon seit Jahren verspottet und ihre Wallfahrt als Teufelswerk bezeichnet haben sollen, entladen sich diese Spannungen im Rahmen einer Pfingstwallfahrt. Nach Angaben des Schultheißen von Altbessingen greifen die bewaffneten Bücholder auf Weisung ihres Schultheißen die Katholiken während der Prozession an. Theobald Julius von Thüngen gab an, die Prozession schädige das Korn der Bücholder Bauern und auch der katholische Priester sei mit einem Streitkolben oder Reiterhammer bewaffnet gewesen. Die Berichte der Altbessinger, die Bücholder hätten Feuerwaffen mit sich geführt, seien zudem stark übertrieben gewesen. Der tatsächliche Verlauf bleibt also unklar. Jedoch ist bei es dem gewaltsamen Zusammentreffen definitiv zu etlichen Verletzten gekommen.
In Nordheim v. d. Rhön gibt es lutherische Geistliche. Etwa 25 Familien sind protestantisch. Die Einführung des neuen Ritus erfolgt durch den Pfarrer des Ortes, Michael Rupert. Nach dessen Tod 1578 geht der Einfluss der Protestanten zurück. Zur Zeit des Würzburger Bischofs Julius Echter von Mespelbrunn kehren dessen Untertanen zum Großteil zum katholischen Glauben zurück. Ein Teil verlässt Nordheim in Richtung Meiningen. Evangelisch bleiben die von der Thann und deren Abhängige, dazu die acht sächsischen und sechs hennebergischen Familien.Im Jahr 1633 werden unter schwedischer Herrschaft ein evangelischer Schullehrer und ein evangelischer Pfarrer eingesetzt. Sie können sich aber infolge der schwedischen Niederlage bei Nördlingen nur bis zum Herbst des Folgejahres halten.
Der Ritter Georg Ernst Fuchs von Bimbach zu Burgbreitbach erbaut trotz Einwände des Würzburger Fürstbischofs Julius Echter (von Mespelbrunn) die evangelische Kirche in Burgpreppach.
Das Wasserschloss wird unter den Freiherren von Würtzburg als Barockschloss neu gebaut, nachdem es im Bauernkrieg zerstört worden ist.
Aufgrund der stark eingeschränkten Rechte der Ortseinwohner kommt es zu Konflikten mit den Herren von Thüngen. Aus einer Auflehnung um 1560 entsteht im Jahr 1598 zwischen der Marktgemeinde Burgsinn und den von Thüngen ein Rechtstreit um den Burgsinner Wald. Der "Burgsinner Prozess" wird erst 300 Jahre später (1899) zu Gunsten der politischen Gemeinde entschieden.
Nach der endgültigen Zerstörung der Kirche in Kasendorf im Jahr 1632 während des Dreißigjährigen Krieges dauert es bis nach 1700, bis sie wieder vollständig aufgebaut ist.