Im Zuge der Reformation entsteht die Pfarrei Marktbergel aus der Zusammenfassung der Ortsteile Weiler und Niederhofen.
Im Zuge der Gegenreformation wird die Augsburger Konfession in Rothenkirchen endgültig unterbunden, da das Hochstift Bamberg die alte Burg von den Erben der ausgestorbenen Linie der Würtzburg zu Rothenkirchen erwirbt.
Die Herren von Sparneck weigern sich auch nach der Reformation, die lutherische Lehre in ihrem Gebiet, also auch in Sparneck, einzuführen.
Der Ritter Georg Sebastian Stiebar (1563-1625) trägt besonders dazu bei, Luthers Lehren zu verbreiten. Er baut eine Schlosskapelle und kauft 1595 mit dem Rittergut Wolkenstein die alte Kirche zu Moggast und stellt dort einen evangelischen Pfarrer ein. Dadurch eskaliert das Verhältnis zum Bamberger Bischof. Im Zuge der Gegenreformation kann der Bischof in Pretzfeld selbst wieder die konfessionelle Oberhand gewinnen.
Unter dem Würzburger Fürstbischof Julius Echter werden folgende bauliche Maßnahmen an der Pfarrkirche Prölsdorf vorgenommen: Im Jahr 1591 erhält die Kirche neue Glocken. Im Jahr 1595 wird die Kirche renoviert, ein neuer Predigtstuhl wird eingebaut und ein Stück der Kirchenhofmauer wird errichtet. Im Jahr 1599 wird der Kirchturm und Kirche neu gedeckt.
Die Pfarrkirche St. Burkard wird in Geiselwind erbaut. In der Kirche finden sich noch heute mittelalterliche Spuren.
Die Urpfarrei Euerdorf beginnt sich aufzulösen und neue Pfarreien werden eingerichtet. Oberthulba wird im Jahr 1571 eigenständige Pfarrei. Sulzthal wird im Jahr 1585 Pfarrei mit der Filiale Ramsthal. Im Jahr 1668 löst sich Aura von Euerdorf und im Jahr 1688 Ramsthal von Sulzthal. Es verbleiben nur noch Engenthal und Wirmsthal als Filialen bis in die Gegenwart.
Die Mauerumfriedung um das Gebiet der Heiligenstädter Kirche, des Pfarrhauses und der Schule besteht bereits. Dort befinden sich hölzerne Wehrgänge sowie Schießscharten zur Verteidigung.
Die 1186 eingeweihte Kirche bleibt jahrhundertelang eine Filialkirche der Nachbarpfarrei Roth. 1502 wird die eigene Pfarrei Schwand gegründet.
Graf Schwarzenberg übernimmt das Patronatsrecht der katholischen Pfarrei Geiselwind von dem Augustiner-Chorherrenstift Birklingen.