Der in schwedischen Diensten stehende Generalmajor Vitzdom von Eckstätt bringt Auerbach in seine Gewalt. Mit den Schweden kehrt auch die lutherische Religion zurück.
Heiligenstadt wird im Dreißigjährigen Krieg heimgesucht und wird samt Kirche, Pfarrhaus und Schule in Brand gesteckt. Vom Langhaus der Kirche bleiben nur die Umfassungsmauern stehen, während der steinerne Chor den Brand relativ unbeschadet übersteht.
Die Pest bricht in Nordheim v. d. Rhön aus. Ein Drittel der rund 600 Personen umfassenden Bevölkerung erliegt der Krankheit. Nach Ende der Pest beginnt der Bau der Sebastianskapelle, welcher 1670 vollendet wird.
In den Jahren 1636 und 1639 findet je eine Taufe in Dachsbach statt. In den Jahren 1637 und 1638 sowie zwischen 1640 und 1648 werden keine Taufen durchgeführt. In den Jahren 1649 und 1650 finden je drei Taufen statt.
Die Michaelskirche in Weidenberg brennt ab. Die alten Pfarramtsakten verbrennen wahrscheinlich mit. Die Ursache des Brandes und der Zeitpunkt des Wiederaufbaus der Kirche sind unbekannt.
Die kaiserlichen Soldaten des Piccolomini plündern die Kirche in Bürgstadt.
Der Würzburger Fürstbischof Franz (von Hatzfeld) erteilt dem lutherischen Pfarrer Johannes Languth die Collatur auf die Maßbacher Pfarrei.
Die erste Orgel wird in die Oberkotzauer Kirche eingebaut. Im Jahr 1769 wird sie ersetzt.
Die obere Pfarrei wird mit der unteren Pfarrei zusammengelegt, aber nach dem Dreißigjährigen Krieg wieder selbstständig.
Die neue Kirche in Wirsberg, deren Bau im Jahr 1643 begonnen wurde, wird eingeweiht, nachdem der Gottesdienst 13 Jahre lang in der Friedhofskirche gehalten worden ist. Sie ist aber zu dunkel und zu klein, weshalb sie wieder abgerissen wird.