Die dritte Äbtissin des Klosters Geisenfeld, Frideruna Markgräfin von Hohenburg geht mit Bischof Ulrich I. von Eichstätt einen Gaimersheim betreffenden Tausch ein, der ihr den großen Zehnt zu Gaimersheim einbringt.
Eine neu errichtete Kirche romanischer Stilprägung wird vom Eichstätter Bischof Ulrich I. geweiht. Diese Kirchweihung ist der erste überlieferte Festtag in der Geschichte von Gaimersheim. Es hat sich hierbei aber wohl nicht um eine Neugründung gehandelt, sondern um eine Erneuerung, vielleicht um die erste Ausführung in Steinbauweise. Aus einer Nachricht des 12. Jahrhunderts wissen wir, dass der Äbtissin von Geisenfeld in Gaimersheim das Kirchenrecht, das Recht der Pfarrerpräsentation, zusteht, und zwar ihr persönlich und nicht dem Konvent.
Die Gerichtsverhältnisse in Gaimersheim sind kompliziert. Es gibt jeweils zwei Nieder- und Hochgerichtsbarkeiten mit unterschiedlicher Zuständigkeit. Die unübersichtliche Lage ist dadurch entstanden, dass es vor der Entwicklung des wittelsbachischen Herzogtums in Gaimersheim bereits die zwei Zuständigkeiten des Geisenfelder Propsteigerichts und des Reichsgrafschaftsgerichts der Grafen von Hirschberg gegeben hat. Nach Einbeziehung des Ortes in die neue herzogliche Gerichtsorganisation, wodurch einerseits ein an die Marktgenossen abgetretenes bürgerliches Marktgericht entsteht, andererseits ein herzoglicher Landrichter die Hochgerichtsbarkeit wahrnimmt, hören die beiden älteren Gerichte dennoch nicht auf zu bestehen.
Gaimersheim wird in der Zehntteilungsurkunde für Niederaltaich und St. Moritz, Ingolstadt, als Herrenhof ("villa") bezeichnet.
In dieser Zeit muss Gaimersheim zum Markt geworden sein. Es gibt keine Gründungsurkunde, kein Gründungsdatum und keinen eindeutig erwiesenen Gründungsakt. Mit der Markterhebung ist auch eine Erweiterung der Befestigungsanlagen verbunden, deren Verlauf um den alten Ortskern aus den Flurkarten noch gut zu erkennen ist. Die Reste des Walles sind an der Ortsstraße "Am Wallgraben" noch erhalten.
Gaimersheim geht an die Wittelsbacher über.
Die Gaimersheimer Vogteileute treffen mit dem Herzog eine Vereinbarung, der zufolge die einst unregelmäßigen dinglichen Dienstleistungen herkömmlicher Art entsprechend dem modernen herzoglichen Fiskalsystem durch eine regelmäßige Abgabe (Gilt) abgegolten werden. Die reichsrechtlichen Verpflichtungen zu fallweiser Zehrung (Steuer), Herbergung (Nachtselde) und Wagenfahrt für den Gerichtsherrn oder seine Beamten werden von den Gaimersheimern gegen eine alljährliche Abgabe von 50 Schaff Steuerkorn erlassen. Die Regelung erscheint noch im herzoglichen Salbuch von 1416 und hat in der Praxis jahrhundertelang Bestand.
In Gaimersheim gibt es einen Marktrat.
Der Marktgemeinderat in Gaimersheim setzt sich aus mehreren Gremien mit abgestuften Rechten und Aufgaben zusammen. Dem eigentlichen Rat gehören so genannte Innere und Äußere Räte an, zu denen bei gewichtigen Anlässen sogenannte Gemeindeverordnete mit einem eigenen "Gmeinredner" an der Spitze hinzugezogen werden.
Der Siedlungsbestand von Gaimersheim beinhaltet fünf Herrenhöfe und etwa 30 Huben sowie ebenso viele "Lehen". Die Einwohnerschaft der Markung umfasst nur wenige hundert Seelen. Zwei Drittel der genannten Hofstellen liegen im und um den Ort Gaimersheim selbst, nämlich zwei Maierhöfe und 14 Huben, dazu 25 Lehen. Die übrigen verteilen sich auf sechs umliegende Ansiedlungen: Neidertshofen, Birkenzell, Wernstall, Wartberg, Prunn und Rackertshofen.