Mehrere Pestwellen suchen Bürgstadt heim.
In den Wirren des Dreißigjährigen Krieges werden in Bürgstadt 118 Personen verbrannt, da ihnen Hexerei vorgeworfen wird.
Während des Dreißigjährigen Krieges sind die Zentgrafen gleichzeitig auch Schultheißen. Der vom Kurfürsten eingesetzte Schultheiß amtiert in der Regel lebenslang.
Ab 1621 werden sächsische Truppen aus Meißen und dem Vogtland einquartiert. Ihr folgen im Lauf des Dreißigjährigen Krieges noch weitere.
Im Jahr 1629 muss in Folge der hohen Kriegskontributionen der Gemeindewald Bürgstadts verpfändet werden. Der Bitte, den Frühmesser zu entlassen, wird durch den Erzbischof von Mainz stattgegeben. Im Jahr 1632 müssen 150 Gulden als Kriegskontributionen bezahlt werden. Der Zentgraf wird auf einer Reise nach Frankfurt festgehalten, bis die noch zu leistenden Kontributionen bezahlt sind. Daraufhin werden 1450 Gulden bezahlt. Im Oktober desselben Jahres müssen fast 17 Malter Mehl an die Schweden in Würzburg geliefert werden.
Bürgstadt wird am 22. November 1631 durch den Schwedenkönig Gustav Adolf II eingenommen. Der Ort muss 660 Gulden Brandschatzung zahlen. Die schwedische Besatzung endet erst 1634.
Die kaiserlichen Soldaten des Piccolomini plündern die Kirche in Bürgstadt.
Von den 250 Herdstellen vor dem Dreißigjährigen Krieg sind in Bürgstadt nun nur noch 134 übrig.
Der Erzbischof von Mainz, Johann Philipp (von Schönborn), verleiht Bürgstadt das Privileg, einen Jahrmarkt abzuhalten. Dieser findet am Sonntag nach Martini statt.
Bürgstadt gehört zur Zent Miltenberg, Abgaben gehen an den Mainzer Erzbischof Johann Philipp (von Schönborn). Davon ausgenommen ist der Zehnte, der dem dortigen Domkapitel zufällt.