Im Zweiten Markgrafenkrieg fällt das Amt Wachenroth nach der Kapitulation des Bischofs vor dem Markgrafen Albrecht von Brandenburg-Kulmbach an den Markgrafen. Zu dieser Zeit war das Amt an Georg Wilhelm von Wiesenthau verpfändet. Nach einer Wendung des Krieges fällt das Amt wieder an Bamberg.
Der Bamberger Bischof Weigand (von Redwitz) verkauft und überschreibt das Schloss, Amt und den Markt Wachenroth mit Zugehörungen an Jörg Wilhelm von Wiesenthau und seine Erben.
Der Bamberger Bischof Georg IV. Fuchs (von Rügheim) verkauft und verschreibt Fritz von Wiesenthau zu Reckendorff Schloss, Markt und Amt Wachenroth mit Zugehörungen in Wiederverkaufsweise.
Das Hochstift Bamberg löst das Amt von Jörg von Wiesenthau 1565 auf. Die Bischöfe von Bamberg setzen ab jetzt Amtmänner ein, die eine feste Besoldung beziehen und mit allen Befugnissen zur Verwaltung der fürstlichen Güter und Rechte ausgestattet sind. Dieser Zustand bleibt bis zur Auflösung des Amtes Wachenroth und dessen Einverleibung in das Oberamt Höchstadt/Aisch im Jahr 1765.
In Wachenroth wird eine Gemeindeordnung erlassen.
Wann die Schule in Wachenroth gegründet wurde, ist unbekannt. Der erste urkundlich genannte Lehrer ist Schulmeister Bauer, der als Verfasser der Wachenrother Gemeindeordnung überliefert ist.
Im Dreißigjährigen Krieg leidet der Ort mehrmals unter Einquartierungen. 1648 wird das Schloss von etwa 500 Franzosen, die auf schwedischer Seite kämpfen, niedergebrannt.
Auf Betreiben des Pfarrers wird in Wachenroth ein neues Schulhaus neben dem Kirchturm errichtet.
Der Zeitpunkt der Verleihung der Wachenrother Märkte ist unbekannt. Eine Rechnung von 1693/94 lässt aber den Schluss zu, dass die Märkte zu diesem Zeitpunkt schon lange in Betrieb sind. Es wird auch Marktgeld erhoben.
Das Wappenbild Wachenroths ist nun ein stehender Krebs, der als Helmzier zwischen zwei halben Flügeln wiederholt wird.