Lichtenau wird im Dreißigjährigen Krieg mehrmals erobert. Im Jahr 1632 nehmen kaiserliche Truppen den Ort ein. Über die protestantische Rückeroberung gibt es widersprüchliche Angaben. Entweder erfolgte sie am 23. August 1633 durch den Grafen von Thurn oder am 7. August 1633 durch Oberst Hubald.
Im Dreißigjährigen Krieg verleiht Markgraf Christian das Uehlfelder Schloss an seinen Plassenburghauptmann Hanns Adrian Muffel von Ermreuth. Die Muffel von Ermreuth sind die letzten Schlossherren, da das Schloss an diesem Tag durch die kaiserlichen Kroaten völlig zerstört wird.
Hans Jakob Muffel stirbt und hinterlässt ein Vermögen von 60000 Gulden.
Nach dem Einmarsch der Schweden schenkt König Gustav II. Adolf unter anderem das Amt Remlingen und damit auch Helmstadt zurück an die Grafschaft Wertheim. Zunächst bleiben die katholischen Pfarrer auf ihren Pfarreien, im November 1632 kommt jedoch Leonhard Thirius nach Helmstadt und nimmt die Reformation der Pfarrei in Angriff.
Aufgrund des siegreichen Vordringens des Schwedenkönigs Gustav Adolf II. während des Dreißigjährigen Krieges muss sich Kurmainz aus Burgsinn zurückziehen. Während der Schwedenzeit wird die Herrschaft der von Thüngen in Burgsinn wiederhergestellt.
Lichtenau wird von weimarischen Truppen belagert und erobert. Dies ist der letzte Besitzerwechsel im Dreißigjährigen Krieg.
Die ehemaligen Seckendorffer Untertanen zu Obernbreit gehen durch Verkauf in Schwarzenberger Besitz über.
Matthias von Worper ist Inspektor in Aufkirchen während der kaiserlichen Beschlagnahmung. Er wohnt vermutlich nicht in Aufkirchen, da der Ort infolge der Pest und Hungersnot verödet war.
Dem Hause Schwarzenberg gelingt die volle Durchsetzung der Gegenreformation in Seinsheim.
Durch Amtsbürgermeister Johann Eckert werden alle Hofplätze in Wirsberg neu verteilt. Er reicht die Häuser, Stadel und Grundstücke zu Lehen. Der Markt Wirsberg hat im 17. Jahrhundert seine Souveränität bereits soweit vergrößert, dass Bürgermeister und Rat so genannte Marktlehen direkt verleihen können.