Die Einführung des Gemeinen Pfennigs zur Finanzierung der Türkenkriege erlaubt einen Überblick über alle Anwesen Heidenheims (ohne die kirchlichen Gebäude wie Pfarrhaus etc.) und die darin Wohnenden. In den 122 Anwesen Heidenheims leben also 334 Personen im Alter von über 15 Jahren.
Das Verwalteramt Heidenheim gehört zum Oberamt Hohentrüdingen. Dessen Amtssitz wird in die Klostergebäude in Heidenheim verlegt. Hier kommt es auch zu einer personellen Bündelung der Befugnisse. Der Amtsvogt, der nun sowohl für die Ausübung der Hohen Gerichtsbarkeit als auch für das Niedergericht zuständig ist, verfügt zusammen mit dem Kastner über einen gemeinsamen Amtsschreiber. Zum Oberamt Hohentrüdingen gehören außerdem noch das Kastenamt Hohentrüdingen und die Verwalterämter Berolzheim, Rechenheim und Treuchtlingen sowie ferner das Richteramt Wettelsheim und - räumlich getrennt - das Richter- und Verwalteramt Solnhofen. Diese zugeordneten Ämter zeigen, welch ausgedehnten Zuständigkeitsbereich Heidenheim als Sitz der Justiz- und Finanzbehörde etwa ein halbes Jahrtausend lang hat.
In Heidenheim gibt es - neben dem Gericht des Abtes - auch ein "Bürgerliches Gericht", das dem Markgrafen untersteht. Daneben gibt es noch ein für niedergerichtliche Belange zuständiges Ehaft- oder Ruggericht (in Heidenheim Baugeding genannt).
Die Zollstätten des Oberamts Hohentrüdingen sind in Berolzheim, Hechlingen, Heidenheim, Treuchtlingen, Ursheim und Wettelsheim.
Im Bauernkrieg wird das Heidenheimer Kloster angegriffen. Auch der Markt selbst wird geplündert und angezündet.
Nach der Säkularisation des Klosters in Heidenheim kommt es unter anderem auch für die Schule zu einer Neuordnung. Die Schulaufsicht wird für die nächsten Jahrhunderte von den Ortsgeistlichen geführt. Der Pfarrer wird Aufsichtführender der Ortsschule, genannt Lokalschulinspektor. Ihm vorgesetzt ist ein Geistlicher als Distriktsschulinspektor.
Die Gemeinde Heidenheim bittet den markgräflichen Kanzler, der sich leidenschaftlich für die Reformation einsetzt, um einen evangelischen Prediger. Drei Jahre später wird dieser Wunsch erfüllt.
Es werden 79 nicht-klösterliche Anwesen in Heidenheim genannt.
Nach Angaben des Salbuchs dieses Jahres hat Heidenheim ein Bürgerliches Gericht, das neunmal im Jahr tagt.
Im Salbuch dieses Jahres werden in Heidenheim ein Schwarzfärber und ein Tuchscherer genannt.