Gegen Ende des 16. Jahrhunderts steigt die Zahl der Juden in Pretzfeld wieder und es bildet sich erneut eine stattliche Judengemeinde. Die Zahl der Familien steigt bis 1605 auf 17, 1612 auf 25 und Ende der 1620er Jahre auf mehr als 30 Familien.
Unter Bischof Martin (von Schaumberg) erhalten Juden wieder die Erlaubnis zur Ansiedlung im Hochstift Eichstätt. In Töging wird erstmals wieder im Jahr 1599 ein Jude erwähnt. Es gibt einen jüdischen Friedhof sowie eine Synagoge.
Die Juden in Wilhermsdorf besitzen seit etwa 150 Jahren bereits eine eigene Schule und einen Begräbnisort. Dies geht aus einem Salbuch aus dem Jahr 1568 hervor.
Den Juden in Dürrwangen wird verboten, fremde Bader aufzusuchen.
In der Gotteshausrechnung dieses Jahres ist der erste gefundene Nachweis eines in Heiligenstadt lebenden Juden zu finden.
Jedes Judenhaus in Dürrwangen muss zur Erhaltung des Tanzes jedem Tanzbürger einen halben Taler geben.
Spätestens seit dieser Zeit gibt es Juden in Allersheim als geyersche Untertanen.
In einer Stiftungsrechnung der katholischen Pfarrei Hirschaid werden Juden in Hirschaid erwähnt.
An den Kastner Dürr in Dachsbach ergeht die Anweisung, die Juden wegen Wucher und als Spötter und Verächter der christlichen Religion binnen fünf Monaten aus dem Fürstentum zu entfernen.
Den Juden ist es verboten, über den Kirchplatz zu gehen.