Während des Dreißigjährigen Krieges wird Schwand von Truppen Wallensteins gebrandschatzt und geplündert. Nach dieser Katastrophe war die Pfarrei Schwand bis 1638 unbesetzt.
Im Dreißigjährigen Krieg fallen Schweden auch in Hirschaid ein und verwüsten den Ort. Die Kirche wird niedergebrannt, weshalb die Pfarrei von 1634 bis 1665 unbesetzt bleibt.
Nach dem Einmarsch der Schweden schenkt König Gustav II. Adolf unter anderem das Amt Remlingen und damit auch Helmstadt zurück an die Grafschaft Wertheim. Zunächst bleiben die katholischen Pfarrer auf ihren Pfarreien, im November 1632 kommt jedoch Leonhard Thirius nach Helmstadt und nimmt die Reformation der Pfarrei in Angriff.
Die Kirche St. Maria und das Pfarrhaus wird in Folge des Dreißigjährigen Krieges niedergebrannt. Dabei verbrennen auch die Pfarrbücher der oberen Pfarrei.
Wallenfels wird durch die Schweden im Dreißigjährigen Krieg geplündert und völlig zerstört. Kirche und Schule werden sogar zweimal niedergebrannt.
Wirsberg wird durch die Truppen des kaiserlichen Oberst Marcus Corpitz geplündert und angezündet, sodass die Kirche, das Pfarrhaus, die Schule, die Burggüter und das Rathaus, 46 "Bürgerhäuser" und 25 Scheunen niederbrennen.
Der in schwedischen Diensten stehende Generalmajor Vitzdom von Eckstätt bringt Auerbach in seine Gewalt. Mit den Schweden kehrt auch die lutherische Religion zurück.
Dem Hause Schwarzenberg gelingt die volle Durchsetzung der Gegenreformation in Seinsheim.
Die Gotthardkirche in Weilbach, die erst im Jahr 1630 wieder aufgebaut wurde, wird zerstört.
Heiligenstadt wird im Dreißigjährigen Krieg heimgesucht und wird samt Kirche, Pfarrhaus und Schule in Brand gesteckt. Vom Langhaus der Kirche bleiben nur die Umfassungsmauern stehen, während der steinerne Chor den Brand relativ unbeschadet übersteht.