Ein Feind des Hochstifts Würzburg fällt in das Amt Rothenfels ein: Kaspar der Jüngere sucht unter anderem Karbach heim und ermordet einen Teil der Bewohner.
Alle markgräflichen Aufgebote aus den Ämtern Colmberg, Leutershausen, Ansbach und Windsbach gehorchen im Krieg gegen Herzog Albrecht von Bayern dem Herrn Heinrich von Lüchau, Vogt von Colmberg.
Im Krieg der Stiebar gegen den Bischof von Bamberg wird auch Buttenheim geplündert und das Obere Schloss niedergebrannt.
Die Ludwigschorgaster Burg wird im Rahmen des Bauernkrieges zerstört. Der Ort büßt seinen Charakter als Amtssitz ein und besitzt auch keinen eigenen Vogt mehr.
Gelchsheim und seine Veste bleiben während des Bauernkrieges nicht verschont.
König Ferdinand I. (ab 1558 Kaiser HRR) verleiht 1557 den Herren Fuchs die hohe und niedere Obrigkeit über Schloss, Dorf und Markung Burgpreppach sowie Blutbann mit Stock und Galgen. Der Landes- und Lehensherr, der Würzburger Fürstbischof Julius Echter (von Mespelbrunn), will der Familie Fuchs zu Burgpreppach nur die niedere Gerichtsbarkeit zugestehen. Deswegen kommt es zu langjährigen Streitigkeiten zwischen dem Dorfherrn und dem Landesherrn, die sich bis zum Tod des Fürstbischofs Julius Echter 1617 hinziehen.
Trappstadt ist weder vom Bauernkrieg, noch vom Markgräflerkrieg stärker betroffen.
Infolge des Bauernkrieges und bedingt durch ein Ansteigen der Getreidepreise kommt es in Zapfendorf zu einer schon früher begonnenen Besitzdifferenzierung und somit zu einer immer weiter klaffenden Schere zwischen arm und reich. In den Steuerlisten von 1547 finden sich eine Vielzahl äußerst geringer Zahlungen, wie sie in der Regel nur von landlosen und landarmen Seldnern und Tropfhäuslern geleistet wurden. Man kann durchaus von zwei Klassen im Dorf sprechen, deren Interessen sich kaum berühren. Der Abstand zwischen arm und reich dürfte in der Mitte des Jahrhunderts so groß gewesen sein, dass die dörfliche Gemeinschaft auseinanderzubrechen drohte, was durch die beiden Dorfordnungen der Jahre 1584 und 1671 ersichtlich wird.
Die Stadt Auerbach ist, neben Amberg, Neumarkt und Heideck, ein wichtiger Stützpunkt der Pfalz im Bayerischen Erbfolgekrieg.
Im Landshuter Erbfolgekrieg werden 450 Böhmen für kurze Zeit nach Wöhrd einquartiert.