Die Ludwigschorgaster Burg wird im Rahmen des Bauernkrieges zerstört. Der Ort büßt seinen Charakter als Amtssitz ein und besitzt auch keinen eigenen Vogt mehr.
Gelchsheim und seine Veste bleiben während des Bauernkrieges nicht verschont.
König Ferdinand I. (ab 1558 Kaiser HRR) verleiht 1557 den Herren Fuchs die hohe und niedere Obrigkeit über Schloss, Dorf und Markung Burgpreppach sowie Blutbann mit Stock und Galgen. Der Landes- und Lehensherr, der Würzburger Fürstbischof Julius Echter (von Mespelbrunn), will der Familie Fuchs zu Burgpreppach nur die niedere Gerichtsbarkeit zugestehen. Deswegen kommt es zu langjährigen Streitigkeiten zwischen dem Dorfherrn und dem Landesherrn, die sich bis zum Tod des Fürstbischofs Julius Echter 1617 hinziehen.
Gemünda ist mit 64 Lehensgütern, Schloss, Kirchhof, Wirtshaus und zahlreichen Handwerkern ein bedeutender Ort.
Trappstadt ist weder vom Bauernkrieg, noch vom Markgräflerkrieg stärker betroffen.
Auf die Erfahrungen der Kriege hin werden in Geiselwind am Ost- und Westeingang Befestigungstore, ringsum Mauern und im Norden und Süden tiefe Wassergräben errichtet.
In Trappstadt steht das sogenannte Alte Schloss als ursprünglichen hennebergischen Amtssitz und Stützpunkt.
Die Mauerumfriedung um das Gebiet der Heiligenstädter Kirche, des Pfarrhauses und der Schule besteht bereits. Dort befinden sich hölzerne Wehrgänge sowie Schießscharten zur Verteidigung.
Infolge des Bauernkrieges und bedingt durch ein Ansteigen der Getreidepreise kommt es in Zapfendorf zu einer schon früher begonnenen Besitzdifferenzierung und somit zu einer immer weiter klaffenden Schere zwischen arm und reich. In den Steuerlisten von 1547 finden sich eine Vielzahl äußerst geringer Zahlungen, wie sie in der Regel nur von landlosen und landarmen Seldnern und Tropfhäuslern geleistet wurden. Man kann durchaus von zwei Klassen im Dorf sprechen, deren Interessen sich kaum berühren. Der Abstand zwischen arm und reich dürfte in der Mitte des Jahrhunderts so groß gewesen sein, dass die dörfliche Gemeinschaft auseinanderzubrechen drohte, was durch die beiden Dorfordnungen der Jahre 1584 und 1671 ersichtlich wird.
Johann von Schwarzenberg erlässt dem Marktflecken auf ewige Zeiten das Umgeld (Verbrauchssteuer) mit der Auflage, damit die Tore, Gräben und Mauern zu erhalten.