Der Volkacher Bürger Johann Büttner (Buthner) beteiligt sich am Bauernkrieg und muss nach dessen Beendigung fliehen. Bischof Konrad von Thüngen zieht dessen Güter ein und verleiht diese an seinen Diener Bartholomäus Blum ( Blum), der in der Folge Büttners Tochter heiratet.
Bischof Konrad von Thüngen gibt dem Büchsenmeister Ludwig Bub (Bub) ein Viertelhaus am Würzburger Schuhmarkt aus Gnaden.
Johann Geimann von Langheim (Hanns Gaiman von Lanckhaim) verpflichtet sich nach seiner Teilnahme am Bauernkrieg dem Stift Würzburg.
Weil der Gerolzhofer Bürger Hans Stang (ain burger Hanns Stang genant von Geroldshofen) sich im Bauernkrieg beteiligt hat und sich der Strafe, die er für die Beteiligung erhalten hatte, entzieht, überträgt Bischof Konrad von Thüngen die Güter von Hans Stang an Linhart Eibelstädter (Linhart Eiuelsteter).
Während des Bauernkriegs im Jahr 1525 wird in Würzburg kein Gericht abgehalten. Davon ist auch das Gerichtsgremium des Oberrats betroffen. Die Angehörigen des Domkapitels kommen nach dem Ende des Bauernkriegs zu Bischof Konrad von Thüngen und bitten ihn, den Oberrat sowie andere Gerichtsinstanzen wieder abhalten zu lassen. Der Bischof gibt seine Einwilligung, jedoch stellt er folgende Bedingungen: der Oberrat soll von ursprünglich 15 Personen auf neun verkleinert werden. Außerdem soll dem Schultheiß im Oberrat das Recht der sogenannten Umfrage (das Recht, die Stimmabgabe zu überwachen und durchzuführen) zustehen, das sonst dem Bischof zusteht. Der Bischof fordert weiterhin, dass der Oberrat eine neue Satzung und Ordnung erhält. Aber das Domkapitel weigert sich sowohl gegen die Verkleinerung der Mitgliederzahl des Rats als auch dagegen, dass dem Schultheißen das Recht der Umfrage übertragen werden soll. Deshalb wird der Oberrat zu Lebzeiten Bischofs Konrad von Thüngen nicht wieder hergestellt. Nach dem Tod des Bischofs wendet sich das Domkapitel an den neuen Bischof, Konrad von Bibra, und bittet ihn, das Gremium des Oberrats wieder aufzustellen und zwar so, wie es vor dem Bauernkrieg zusammengesetzt und geordnet war. Der neue Bischof stellt allerdings auch die Bedingung, dass die Satzung und Ordnung des Oberrats erneuert werden muss. Für die Erneuerung der Satzung und Ordnung werden insgesamt sechs Personen ausgewählt: drei stellt der Bischof, drei das Domkapitel. Der Bischof stellt Heinrich Truchsess, Hofmeister (Hainrich truchsess Hofmaister), Karl Zoller (Carl Zoller) und Lorenz Fries ( Lorentz Fries) auf. Das Domkapitel stellt Heinrich von Würzburg (Hainrich von Wirtzburg), Georg von Maßbach (Georg von Maspach) und Richard von der Kere (Reichart von der Kere) auf. Dieses Gremium beginnt die Satzungen zu erneuern, aber es kommt keine endgültige Erneuerung zustande.
Bischof Konrad von Thüngen verschreibt Ambrosius Geier (Geier) für 1000 Gulden jährliche Nutzrechte von 100 Gulden über Gaubüttelbrunn (Butelbrun).
Nach dem Bauernkrieg erhält Konrad Groß (Cuntz Gross), Pferdeknecht auf der Marienburg, das lebenslange Nutzungsrecht für ein Viertel eines Hofs in der Pleich. In das Nutzungsrecht sind auch seine Frau und sein Sohn Balthasar Groß (Baltassar) eingeschlossen.
Hans Boxberger (Bocksberger), Keller von Königshofen im Grabfeld (Konigshoven im Grabveld), übergibt Bischof Konrad von Thüngen etliche Güter, die sich im Besitz von Klaus Spor (Spor) befanden und wegen dessen Beteiligung am Bauernkrieg eingezogen worden sind. Bischof Konrad von Bibra gibt diese Güter nach erfolgter Fürbitte an Klaus Spor zurück. Diese Güter liegen in Königshofen im Grabfeld und in Burghausen (Burghaussen).
Das Viertelhaus des Würzburger Stadtteils Pleich (Plaichach) wird den Bürgern weggenommen und an Hofdiener verliehen, letztlich aber wieder den Bürgern zugestellt.
Die Birklinger Augustinerchorherren bewohnen das Klostergebäude nicht mehr und geben dieses dem Verfall preis. Bischof Melchior Zobel von Giebelstadt lässt die Gefälle daher von einem Diener einnehmen, verrechnen und hinterlegen. Innerhalb der folgenden 20 Jahre sterben alle Mönche.