Die Verträge, Streitigkeiten und Besitztümer des Hochstifts Würzburg bezüglich des Stifts Bamberg sind in den gebrechenbucher und unter dem Stichwort Ainigung in der Hohen Registratur zu finden.
Bezüglich der Zugehörigkeit von Untertanen des Hochstifts Würzburg und Bamberg, die miteinander heiraten, sowie um die Zugehörigkeit ihrer Kinder ereignet sich zwischen beiden Stiften ein Streit. König Friedrich II. beschließt daher, dass diese Personen zwischen beiden Stiften verteilt werden können.
Arnold von Bebenburg (Bebenburg) erhebt eine nichtige Forderung gegen Bischof Gerhard von Schwarzburg und greift daraufhin das Hochstift an, aber es kommt zu einer Versöhnung.
Der Bamberger Bischof Georg von Schaumberg gibt an, den mit dem Hochstift Würzburg geschlossenen Vertrag zur Beilegung von Grenzstreitigkeiten nicht halten zu müssen, da diese Einigung nur unter Zwang zu Stande gekommen sei. Der Würzburger Bischof Johann von Grumbach akzeptiert diese Auffassung nicht und lässt deswegen Verhandlungen führen.
In den Streitigkeiten zwischen Georg von Bebenburg (Bebenburg) und Konrad von Thüngfeld (Thunfeld) wegen des Schlosses Stollberg (Stolberg) spricht Bischof Rudolf von Scherenberg Recht.
Der Bamberger Bischof Georg von Schaumberg und der Würzburger Bischof Rudolf von Scherenberg legen ihren Streit in Haßfurt (Hasfurt) bei. In dieser Auseinandersetzung zwischen dem zum Zeitpunkt des Vertragsschlusses schon verstorbenen Bischof Johann von Grumbach und dem Bamberger Bischof geht es um das Landgericht, Geleits-, Zoll-, Zentrechte, Klöster, Verköstigungs- und Folgerechte (atzung und volge), die Orte Baunach (Baunach) und Godeldorf (Godelndorff), Schäfereirechte, Neurodungen, Wildbänne, Befestigungsanlagen (newe gräben) und anderes mehr. Laut einem Nachtragsschreiber sind ebenfalls betroffen: Triebrechte in Baunach und Godeldorf (Baunacher, Godelndorffer trieb), der Stufenberger Wald (Stuffenberger holtz), Schäfereirechte in Sandhof (Sandhoffer schefferey), Reckendorf (Reckendorff), Reiswägen in Rattelsdorf (Ratelsdorff), Oberhaid (Obern Haidt/ Haidt; dort auch weitere Rechte), Dörfleins ( Dorffleins; dort auch weitere Rechte) und Viereth (Viehrieth/ Vieherieth; dort auch weitere Rechte), Oberneuses (Newses), Rauhenberg (Rauhenberg), Busendorf (Busendorff), Breitbrunn (Braittenbron), Roßdorf (Rasdorff), Schönbrunn (Schonbron), Mühlendorf (Mulndorff), Oberscheinfeld (Obern Schainvelden), Stettfeld (Stettvelden/ Stetveldt), der Schulterbacher Wald (Schultirbacher waldt), Geleitrechte von Hallstadt (Halstatt) und Haßfurt (Hasfurt), das Bamberger Geleit, das Geleit des Klosters Ebrach (closter Ebrach), das Baunacher Halsgericht, die Burgebacher Mannlehen (Burgebracher manlehen), die Pfarreien Seßlach (Seslach) und Scheßlitz (Scheslitz), Knetzgau (Gnetzgew), Ziegelanger (Zigelanger), Zeil am Main (Zeyl), Steinbach (Stainbach), Zollzeichen und -stätten, Westheim (Westhaim), Zell (Zell), Sand am Main (Sandt), Staffelbach (Staffelbach), Roßstadt (Rostatt), Trunstadt (Tronstatt), Unterhaid (Nidern Haidt), Weiher (Weiher), die Zollfreiheit für den Adel, Medlitz (Medlitz), Hoheneich (Hoenaich), Eltmann (Eltmain) sowie die Klöster Banz (Bantz closter), Veßra (Fessern), Theres (Thäris) und Kitzingen (Kitzingen).
Zwischen dem Bamberger Bischof Georg von Schaumberg und seinem Domkapitel kommt es zum Streit bezüglich der Steuern und Abgaben mit der Stadt Bamberg. Dieser Vorfall wird durch den Würzburger Bischof Rudolf von Scherenberg geschlichtet.
Über die Auseinandersetzungen (irrungen) zwischen den Bischöfen von Würzburg und den Herzögen von Bayern finden sich in der Hohen Registratur Einträge unter dem Stichwort Ainigung.
Zwischen Bischof Lorenz von Bibra und Melchior Sutzel von Mergentheim (Sutzel von Mergethaim) ereignet sich ein Streit um Besitztümer in Unterbalbach (Unterbalbach). Dabei handelt es sich um einen Garten, die Gräben um das Schloss, den Vorhof, 15 Gerten Holz und eine Mühle. Diese Irrung wird von Pfalzgraf Philipp geschlichtet.
Die Einwohner des Dorfes Bastheim (Basthaim) müssen dem Bischof von Würzburg Erbhuldigung leisten und Herdhühner geben. Nach dem Bauernkrieg zwingen die Herren von Bastheim diese Einwohner zu einer Verschreibung, dass sie zukünftig nur noch ihnen verpflichtet seien. Als die Herren von Bastheim ihre Lehen von Bischof Konrad von Thüngen nicht in Empfang nehmen, klagt der Bischof vor dem Hofgericht. Noch vor einem Urteilsspruch bitten die Herren von Bastheim um einen Vergleich: Sie übergeben die Verschreibung mit den Untertanen zu Bastheim dem Bischof und überlassen ihm seine hergebrachten Abgaben aus dem Dorf. Die Lehen werden erneut an die Herren von Bastheim verliehen. Laut einem Nachtragsschreiber sind von diesem Rechtsstreit ebenfalls betroffen: das Dorf Bastheim (Basthaim) samt Burg, der Stainisch hoff, der Hersfelder hove und der Weirisch hove (beide in Bastheim), die Orte Unterwaldbehrungen (Nidernwaldberingen) und Dachsberg (Dachsperg; heute Stadtteil von Bastheim), die Fischwasser bei Elsbach (Olspach) und Braidbach (Braitbach), der Forst Schmalhart (Schmalhart holtz), die Truchsessischen Güter (Truchsessische guetter), die Zehnten der Wüstungen Englerts Ringelharts) und Lanzig Nantzen, die Wüstung Altenfeld (Altenvelt wusten) und das Dorf Weisbach (Weispach dorff).