Das Hofgericht in Würzburg wird in der bischöflichen Kanzlei in einem dafür bestimmten Raum abgehalten. Das Richteramt wird vom Hofmeister ausgeübt, die Vertretung im Falle seiner Abwesenheit übernimmt der Oberste aus dem weltlichen Rat des Bischofs. Die Beisitzer und Schöffen setzen sich aus dem Ritterstand des Stifts zusammen. Diese dürfen aber keine Amtleute oder Diener des Stifts sein, können jedoch im Gericht sitzen, wenn sie Lehensmänner des Stifts sind. An dem Gericht werden Angehörige des Ritterstands verklagt, besonders in Angelegenheiten des Lehenswesens. Von dem Hofgericht kann ein Fall weitergegeben werden an das Reichskammergericht.
Während der Adel vor dem Hofgericht in Lehensangelegenheiten gerichtet wird, müssen Bürger und Bauern vor das sogenannte Lehengericht gehen. Dieses wird, ebenso wie das Hofgericht, in der bischöflichen Kanzlei abgehalten. Der Bischof stellt einen seiner weltlichen Räte als Richter, die Schöffen und Beisitzer des Gerichts setzen sich aber aus Würzburger Bürgern zusammen, die Lehensträger des Stifts sind. Von dem Lehengericht können Fälle an das Reichskammergericht weitergegeben werden.
Bischof Johann von Brunn schließt mit den Grafen, Herren und Rittern des Hochstifts ein Landfriedensbündnis für drei Jahre. Dabei werden Regelungen getroffen bezüglich Hofgericht, Geleitsbruch, Lehensangelegenheiten, Prozessrecht (Austrag) bezüglich Bischof, Geistlichen und Adel sowie Verpfändung.
Bischof Johann von Grumbach schließt mit den Grafen, Herren und Rittern des Hochstifts Würzburg für drei Jahre ein Landfriedensbündnis. Dabei werden Regelungen getroffen bezüglich Fehde, Verfolgung flüchtiger Verbrecher (Nacheil), Kriegszüge (Rais), militärische Unterstützung (Zutzug), Prozessrecht (Austrag), Lehen für Adelige und Geistliche, Hofgericht, Mannlehen, Landgericht, Brückengericht, Zenten, Lehensauftragungen, Beziehungen zu anderen Landfriedensbündnissen und Rechtsverfahren (Rechtvertigungen).
Bischof Rudolf von Scherenberg verbündet sich für drei Jahre mit der Ritterschaft des Hochstifts. Dabei werden Regelungen getroffen bezüglich Fehde, Hofgericht, militärische Unterstützung (Zutzugk), Vertragsabschluss mit Feinden, Aufkündigung von Lehen und dem Stiftsadel.
Zeißner, Sebastian: Rudolf II. von Scherenberg. Fürstbischof von Würzburg 1466-1495, Würzburg 21952.
Die Lehen der Truchsessen (Truchsessen) von Baldersheim sind an das Geschlecht derer von Bacherat (Bachrat) gekommen. Nachdem Philipp von Weinsberg (Philip von Weinsperg) diese Lehen durch das Landgericht des Herzogtums zu Franken als heimgefallene Lehen erhalten hat, hat er sie als Gnadenlehen an Hans von Bacherat den Älteren (Bachrat der Elter) verliehen. Nachdem die Herrschaft Reichelsburg (Raigelberg) 1521 an das Hochstift gekommen ist und Hans von Bacherat wenige Jahre später ohne männliche Erben stirbt, betrachtet Bischof Konrad von Thüngen diese Lehen als heimgefallen und verleiht sie an Konrad von Rosenberg (Rosenberg). Dagegen wendet sich Hans von Riedern (Hanns von Riedern), der Sohn von Hans Bacherats Schwester, da der Sitz Baldersheim mit seinen Zugehörungen ein Lehen sei, das auch matrilinear vererbt werden könne. Am Hofgericht des Bischofs findet darüber eine Verhandlung statt.
Die Einwohner des Dorfes Bastheim (Basthaim) müssen dem Bischof von Würzburg Erbhuldigung leisten und Herdhühner geben. Nach dem Bauernkrieg zwingen die Herren von Bastheim diese Einwohner zu einer Verschreibung, dass sie zukünftig nur noch ihnen verpflichtet seien. Als die Herren von Bastheim ihre Lehen von Bischof Konrad von Thüngen nicht in Empfang nehmen, klagt der Bischof vor dem Hofgericht. Noch vor einem Urteilsspruch bitten die Herren von Bastheim um einen Vergleich: Sie übergeben die Verschreibung mit den Untertanen zu Bastheim dem Bischof und überlassen ihm seine hergebrachten Abgaben aus dem Dorf. Die Lehen werden erneut an die Herren von Bastheim verliehen. Laut einem Nachtragsschreiber sind von diesem Rechtsstreit ebenfalls betroffen: das Dorf Bastheim (Basthaim) samt Burg, der Stainisch hoff, der Hersfelder hove und der Weirisch hove (beide in Bastheim), die Orte Unterwaldbehrungen (Nidernwaldberingen) und Dachsberg (Dachsperg; heute Stadtteil von Bastheim), die Fischwasser bei Elsbach (Olspach) und Braidbach (Braitbach), der Forst Schmalhart (Schmalhart holtz), die Truchsessischen Güter (Truchsessische guetter), die Zehnten der Wüstungen Englerts Ringelharts) und Lanzig Nantzen, die Wüstung Altenfeld (Altenvelt wusten) und das Dorf Weisbach (Weispach dorff).
Das Stift Würzburg besitzt ein kaiserliches Privileg darüber, dass alle Angehörigen des Stifts samt ihren Gütern vor kein auswärtiges Gericht - sei es das Reichshofgericht, das Landgericht - geladen werden dürfen. Aber das Hofgericht zu Rottweil verstößt gegen dieses Privileg, indem es Landsassen des Stifts vor Gericht lädt und über sie urteilt, obwohl die regierenden Fürsten dagegen Einspruch erheben. Das Hofgericht zu Rottweil besteht jedoch darauf über die Rechtsangelegenheiten wie üble Nachrede, Verleumdung sowie Gewalttaten richten zu dürfen und diese Streitfälle nicht an ein anderes Gericht abgeben zu müssen. Das Stift Würzburg legt daraufhin Beschwerde über dieses Vorgehen ein und Bischof Konrad von Thüngen erreich bei Kaiser Karl V., dass dieser dem Stift erneut ein Privileg ausstellt. Darin wird festgehalten, dass kein Graf, Freier, Herr, Ritter, Knecht, Lehensmann, Diener, keine Stadt, keine Leute oder Untersassen sowie ihr Hab und Gut wegen irgendeines Vergehens vor das Reichshofgericht gezogen werden dürfen und besonders nicht vor das Hofgericht in Rottweil. Bei Verstoß gegen dieses Privileg ist eine Bußgeldzahlung von 100 Pfund lötigem Gold fällig.
Kaiser Karl V. stellt dem Hochstift Würzburg ein Privileg aus, wonach man keine Berufung für Fälle, die eine Summe von unter 200 Gulden betreffen, vor den höheren Gerichten einlegen soll. Mit den höheren Gerichten sind hier das Kanzleigericht, das Hofgericht und das Lehengericht gemeint. Will man Berufung bei Fällen einlegen, die die Summe von 200 Gulden überschreiten, dann darf der Fall vor das kaiserliche Kammergericht gehen.
Kaiser Karl V. dupliziert und verbessert ein Privileg, das er dem Stift Würzburg zwei Jahre zuvor ausgestellt hat. In dem Privileg geht es besonders um die Exemtion von fremden Gerichten, besonders von dem Hofgericht zu Rottweil. Diese verbesserte Version wird vom Reichskammergericht beglaubigt und dem Hofrichter und den Schöffen des Hofgerichts zu Rottweil vorgelegt.