Das Brückengericht in Würzburg wird auch als Oberste Zent bezeichnet, weil das Gericht in allen Zentangelegenheiten entscheidet. Wenn jemandem im ganzen Bistum von weltlichen Richtern etwas versagt wird oder wenn jemand einer Vorladung eines anderen Gerichts nicht nachkommt, muss das Zentgericht entscheiden. Diesem Gericht sitzen ein Schultheiß als Richter und neun Bürger der Stadt Würzburg als Urteilssprecher vor. Diese richten über Schulden, Zinsen und Gülten, bei denen Untertanen des Stifts beteiligt sind. Bei peinlichen Angelegenheiten, d.h. bei Angelegenheiten, die eine Leibes- oder Lebensstrafe nach sich ziehen, werden dem Gericht zusätzlich fünf Schöffen vorgesetzt, davon zwei aus Zell am Main (Celle), zwei aus Gaubüttelbrunn (Butelbrun) und einer aus Höchberg (Huchburg). Die Nachtragshand merkt an, dass zu diesen ursprünglich fünf Schöffen ab dem Jahr 1617 noch zwei weitere dazukommen: einer aus Randersacker (Randersacker) und einer aus Gerbrunn (Gerbronn). Weitere Bezeichnungen für das Gericht sind Landrecht und Stadt- oder Saalgericht.
Das Brückengericht in Würzburg wird auch als Stadt- oder Saalgericht bezeichnet, weil die Richter und neun Schöffen in bürgerlichen Sachen über alle Bürger der Stadt Würzburg und aller Vorstädte im bischöflichen Saal richten. Dieses Gericht findet an drei Tagen der Woche statt: dienstags, donnerstags und freitags. Über die Urteile, die an dem Gericht gefällt werden, herrscht Schweigepflicht. Es hat sich allerdings eingebürgert, dass die richtenden Schöffen bei einer zweifelhaften Sachlage die bischöfliche Kanzlei und die Räte des Würzburger Bischofs einweiht und um deren Unterstützung bei dem Fall bittet. Weitere Bezeichnungen für das Gericht sind Landrecht und Oberste Zent. Die Stadtgerichtsordnung wird von Bischof Konrad von Bibra aufgesetzt.
Das Hofgericht in Würzburg wird in der bischöflichen Kanzlei in einem dafür bestimmten Raum abgehalten. Das Richteramt wird vom Hofmeister ausgeübt, die Vertretung im Falle seiner Abwesenheit übernimmt der Oberste aus dem weltlichen Rat des Bischofs. Die Beisitzer und Schöffen setzen sich aus dem Ritterstand des Stifts zusammen. Diese dürfen aber keine Amtleute oder Diener des Stifts sein, können jedoch im Gericht sitzen, wenn sie Lehensmänner des Stifts sind. An dem Gericht werden Angehörige des Ritterstands verklagt, besonders in Angelegenheiten des Lehenswesens. Von dem Hofgericht kann ein Fall weitergegeben werden an das Reichskammergericht.
Während der Adel vor dem Hofgericht in Lehensangelegenheiten gerichtet wird, müssen Bürger und Bauern vor das sogenannte Lehengericht gehen. Dieses wird, ebenso wie das Hofgericht, in der bischöflichen Kanzlei abgehalten. Der Bischof stellt einen seiner weltlichen Räte als Richter, die Schöffen und Beisitzer des Gerichts setzen sich aber aus Würzburger Bürgern zusammen, die Lehensträger des Stifts sind. Von dem Lehengericht können Fälle an das Reichskammergericht weitergegeben werden.
Von den Weinbauern (häckere) der Stadt Würzburg werden stets fünf verständige verpflichtet, Streitigkeiten zu schlichten, die wegen Schäden an Feldern, Gärten, Äckern, Wiesen oder Weingarten und ähnlichem entstehen. Dieses Gericht ist auch für die Vermessung, Teilung, den Zusammenschluss und die Abgrenzung durch Steine oder Mauern dieser Güter zuständig. Ursprünglich wird das Gericht an einem Sonntag abgehalten, weshalb es das Sonntagsgericht genannt wird. Da es später aber immer montags abgehalten wird, nennt man es Montagsgericht. Ein weiterer gebräuchlicher Name für das Gericht ist Feldgeschworenengericht (Veldgeschworen gericht). Das Gericht wird im bischöflichen Saal der Kanzlei abgehalten und der Vorsitz des Richters wird vom Hof- oder Unterschultheiß übernommen.
In Würzburg gibt es einen sogenannten Oberrat (Oberrath). Dieses Gremium setzt sich aus insgesamt 15 Personen zusammen: vier aus dem Domkapitel, einer aus dem Kapitel des Neumünsters, einer aus dem Kapitel des Stift Haug, einer aus dem Kapitel von St. Burkard, der Oberschultheiß der Stadt Würzburg, drei aus dem unteren Rat der Stadt, ein Metzger, ein Bäcker und ein Weinbauer und ein gemainsman (Schiedsmann). Der Oberrat ist dazu verpflichtet sich an seine Satzung und Ordnung zu halten, die in einem eigenen Buch dafür festgehalten ist. Sie sind hauptsächlich für den Gemeinnutz der Stadt und ihrer Einwohner verantwortlich und fungieren als eine Art Polizei (policei). Außerdem sind sie dazu befugt, in Schmachsachen (schmahsachen), also verbale oder körperliche Beleidigungen, über geistliche und weltliche Personen zu richten.
Im Würzburger Bistum gibt es ein Gericht, das sich speziell mit Angelegenheiten des Ritterstands beschäftigt, das sogenannte Gericht des Gnadenvertrags. Dieses Gericht entsteht unter Bischof Johann von Grumbach, der auf Ansuchen der Ritterschaft, Grafen und anderer Adeliger des Stifts ein Privileg für diese ausstellt. In dem Gnadenbrie wird folgendes festgehalten: bei einem Rechtsstreit zwischen einem Würzburger Bischof und einem oder mehreren Adeligen soll dies vor den weltlichen Räten des Bischofs verhandelt werden, wobei diese aber keinerlei Partei ergreifen sollen. Außerdem soll im Falle eines Rechtsstreits zwischen einem oder mehreren Adeligen und einem Dechanten oder einem Angehörigen des Domkapitels oder andere Angehörige des geistlichen Standes der Würzburger Bischof oder dessen geistliche und weltliche Räte darüber verhandeln. Allerdings sind geistliche Rechtsfälle hiervon ausgenommen. Wenn der Angeklagte dem geistlichen Stand angehört, muss im Richtergremium ein Geistlicher mehr sitzen als Weltliche. Stammt der Angeklagte wiederum aus dem weltlichen Stand, muss im Richtergremium ein Weltlicher mehr sitzen als Geistliche.
Am Kanzleigericht sind sowohl die geistlichen als auch weltlichen Räte des Bischofs als Richter und Schöffen eingesetzt. Diese beschäftigen sich mit Fällen, die sie vom Landgericht zugewiesen bekommen oder die von Dorf- oder Stadtgerichten an das Kanzleigericht kommen und es um Summen, die höher sind als 10 Gulden, geht. Bischof Lorenz von Bibra erlässt eine eigene Ordnung über die Entlohnung der Leute, die am Gericht arbeiten, so wie wortredere, Prokuratoren, Gerichtsschreiber und andere Schreiber (Supplication schreibere).
Weil bei Bauarbeiten und Bauvorhaben oftmals Nachbarschaftsstreitigkeiten zwischen Würzburger Bürgern entstehen, werden aus Zimmeren, Steinmetzen und Maureren vier verständige Personen ausgewählt, die das sogenannte Geschworenengericht (geschworen Gericht) bilden. Deshalb werden diese vier Schöffen auch als Stadtgeschworene (Statgeschworen) bezeichnet. Diese Schöffen stehen unter Eid und verpflichten sich dazu, die Streitigkeiten bezüglich diverser Bauvorhaben zwischen den Bürgern zu richten. Die Entscheidung der Schöffen ist außerdem verbindlich. Wenn ein Bürger eine schriftliche Bestätigung der Entscheidung fordert, wird ihm diese mit dem Siegel der Stadt Würzburg ausgestellt. Bischof Lorenz von Bibra hat bezüglich der Bauvorschriften eine eigene Ordnung erlassen.
Während des Bauernkriegs im Jahr 1525 wird in Würzburg kein Gericht abgehalten. Davon ist auch das Gerichtsgremium des Oberrats betroffen. Die Angehörigen des Domkapitels kommen nach dem Ende des Bauernkriegs zu Bischof Konrad von Thüngen und bitten ihn, den Oberrat sowie andere Gerichtsinstanzen wieder abhalten zu lassen. Der Bischof gibt seine Einwilligung, jedoch stellt er folgende Bedingungen: der Oberrat soll von ursprünglich 15 Personen auf neun verkleinert werden. Außerdem soll dem Schultheiß im Oberrat das Recht der sogenannten Umfrage (das Recht, die Stimmabgabe zu überwachen und durchzuführen) zustehen, das sonst dem Bischof zusteht. Der Bischof fordert weiterhin, dass der Oberrat eine neue Satzung und Ordnung erhält. Aber das Domkapitel weigert sich sowohl gegen die Verkleinerung der Mitgliederzahl des Rats als auch dagegen, dass dem Schultheißen das Recht der Umfrage übertragen werden soll. Deshalb wird der Oberrat zu Lebzeiten Bischofs Konrad von Thüngen nicht wieder hergestellt. Nach dem Tod des Bischofs wendet sich das Domkapitel an den neuen Bischof, Konrad von Bibra, und bittet ihn, das Gremium des Oberrats wieder aufzustellen und zwar so, wie es vor dem Bauernkrieg zusammengesetzt und geordnet war. Der neue Bischof stellt allerdings auch die Bedingung, dass die Satzung und Ordnung des Oberrats erneuert werden muss. Für die Erneuerung der Satzung und Ordnung werden insgesamt sechs Personen ausgewählt: drei stellt der Bischof, drei das Domkapitel. Der Bischof stellt Heinrich Truchsess, Hofmeister (Hainrich truchsess Hofmaister), Karl Zoller (Carl Zoller) und Lorenz Fries ( Lorentz Fries) auf. Das Domkapitel stellt Heinrich von Würzburg (Hainrich von Wirtzburg), Georg von Maßbach (Georg von Maspach) und Richard von der Kere (Reichart von der Kere) auf. Dieses Gremium beginnt die Satzungen zu erneuern, aber es kommt keine endgültige Erneuerung zustande.